Но, возвышая таким образом Москву пред Тверью, первосвятитель Петр старался поставить ее выше и Владимира, заступившего место Киева. Он лишил Владимир значения церковной столицы всея Руси. Формального или торжественного перенесения Всероссийской митрополичьей кафедры в Москву собственно не было; а просто во время своих частых объездов русских областей всероссийский митрополит все реже приезжал во Владимир, все долее гостил в Москве. Но это нельзя представлять себе несознательной случайностью, и совет — построить в Москве подобный Владимирскому собор Успения Пречистыя — личной заботой митрополита о том, что ему здесь лучше всего найти место своего успокоения и погребения своих костей. Нет, глубокая мысль и дальновидное прозрение сделать Москву всероссийской церковной столицей прекрасно освещена митрополитом Киприаном в его житии первосвятителя Петра. По словам этого биографа, Петр начал просить Ивана Даниловича, в то время лишь удельного князя, еще не имевшего поддержки Узбека и еще нерешительного в своих действиях, воздвигнуть в Москве такой же собор Богоматери, какой был в первопрестольном Владимире. Чтобы подвигнуть на это вотчинника малого деревянного города, такого князя, который назвал себя великим князем
Чрезвычайно характерен этот тон совета уже умиравшего первосвятителя, который называет сыном того князя, роду которого возвещается никому еще не ясное, даже в соседней Твери, величие. Положению костей своих в будущем храме первосвятитель придает значение только примера для ряда своих преемников. Иоанн Данилович последовал знаменательному совету иерарха; но силы московского князя были настолько слабы, что он при жизни св. Петра успел лишь вывести у самого дома своего фундамент нового храма. Святитель же Петр сам устраивал в храме нишу с каменной гробницей для себя. В декабре 1326 года почивший святитель был погребен здесь.
В день своей кончины он служил литургию, поучал народ и раздавал милостыню. Почувствовав приближение смерти, он послал за московским тысяцким Протасием, так как Иоанна Даниловича не было в Москве, и сказал ему: «Чадо, я отхожу от жития сего; оставляю сыну своему, возлюбленному Ивану милость, мир и благословение от Бога, ему и семени его до века. За то, что сын мой меня успокоил, воздаст ему Господь сторицею». Степенная книга рассказывает, что за несколько времени до кончины св. Петра Иоанн Данилович, проезжая берегом реки Неглинной, мимо Высоцкой слободы (нынешняя Петровка), принадлежавшей, по преданию, боярину Кучке, внезапно увидал там высокую гору, покрытую снегом, который вдруг растаял, а затем исчезла и гора. Князь рассказал об этом видении митрополиту и услыхал от него объяснение: «гора высокая — это ты, князь, а снег — я, смиренный. Мне прежде тебя должно отойти из сей жизни». В память этого на месте видения Калита построили храм Боголюбской Божьей Матери, сделавшийся основным храмом Высоко-Петровского монастыря. Св. Петр построил в Кремле свой митрополичий двор при церкви Иоанна Предтечи, под Бором, которая была его временным кафедральным храмом. При возобновлении его, после 1812 года, здесь открыты были следы старинного кладбища и остатки деревянного дубового здания, по всей вероятности, бывшего митрополичьим подворьем.