Тем не менее к середине 1840-х гг. власти проявляют всё более неблагосклонное внимание к «Отечественным запискам» (позднее к «Современнику»). В 1843 г. в «Северной пчеле» напечатан донос на Краевского: он-де унижает Жуковского, автора народного гимна «Боже, царя храни». Попечитель кн. Волконский, человек порядочный, неофициально велел Булгарину не писать более таких мерзостей, предупредил его, что цензура будет безжалостно вычеркивать их. В ответ Булгарин отправил Волконскому «дерзкое и нелепое письмо». В нем говорилось о заговоре партии мартинистов, стремящихся ниспровергнуть существующий строй; изданием этой партии являются «Отечественные записки», «которым явно потворствует цензура». Булгарин приводил выписки из журнала, совершенно невинные. В заключение он прямо обвинял Волконского в попустительстве: «но с того времени, когда вы председательствуете в комитете, пропускаются вещи посильнее и почище этих» (274). Он требовал создания следственной комиссии для обличения партии, колеблющей престол. Булгарин писал, что будет просить царя разобраться в этом деле, а если тот не вникнет в него или до него не дойдет мнение Булгарина, он попросит прусского короля довести до сведения царя все его обвинения: «Я не позволю, чтобы на меня, как на собаку, надевала цензура намордник». Весь этот скандал возник по поводу второй статьи Белинского о Пушкине. Там шла речь о том, что Жуковский напрасно пытается быть народным, идя по чужому пути, вопреки своему призванию, что вызывает грустные чувства. В то же время Жуковский называется писателем великого таланта. Извращение слов Белинского Булгариным было настолько ясно, что никаких последствий его письмо не имело. Но так как оно было официальным, Волконский передал его министру, а тот, через Бенкендорфа, царю (274). В 47 г. Никитенко пишет о том, что Булгарин продолжает делать доносы на все журналы, особенно в конце года, когда идет подписка. Он ничего не боится, считает себя в безопасности.
Примеру Булгарина следует в 44 г. ректор петербургской духовной академии епископ Афанасий. Он пишет донос на те же «Отечественные записки», обвиняя их в подрыве православия за публикацию статей о реформации, извлеченных из сочинения Ранке. Никитенко пишет в дневнике: «Афанасий слывет за фанатика, поборника того православия, которое держится не смысла, а буквы религии, которое больше уважает предание, чем евангелие». Сообщается в дневнике и о том, что после возвращения из Москвы министр сильно настроен против «Отечественных записок», видит в них социализм, коммунизм: видимо, его мнение навеяно московскими «патриотами»; дело передано в Синод. Никитенко резко отзывается о духовенстве, которое хлопочет о церкви, а не о религии, не любит ни бога, ни людей: «Мы видели во времена Магницкого, куда ведет церковь без рационализма, вера не по разуму»; «Беда, если монахам дать волю: опять настанут времена Магницкого. Ныне и то слишком много толкуют о православии, бранят Петра, хотят воскресить блаженные времена допетровской Руси и т. д.» (284, 511). Хотели и на самом деле. И в ближайшее время, с конца 40-х годов, их желания исполнятся.