По возвращении в Россию он был зачислен в свиту великого князя в качестве его личного адъютанта и в этой должности встретил 14 декабря 1825 года. Вооруженный мятеж заговорщиков в самом центре столицы империи поколебал многих, но не его – он остался верен присяге и узам дружбы, всюду в этот ужасный день сопровождая Николая Павловича, ставшего к тому моменту императором. Перовский, исполняя приказания нового императора, устанавливал связи с оставшимися верными присяге частями. Во время исполнения поручения возле Исаакиевской площади, где толпа простолюдинов, разгорячившихся поведением военных, выстроившихся на Сенатской площади, уже «начала позволять себе дерзкие выходки», он подвергся нападению, получив сильнейший удар поленом по спине, – впоследствии это сказалось тяжелой болезнью легких, мучившей его всю оставшуюся жизнь тяжелыми приступами удушья.
Такая верность не забывается, и император благоволил Перовскому, однако это не освобождало его от участия в рискованных предприятиях того времени. На войне с турками он был тяжело ранен пулей в левую сторону груди, перенес сложную хирургическую операцию и для поправки здоровья вновь отправился в Италию. Там ему пришлось пережить личную драму: в Италии, фактически у него на руках, умерла племянница Жуковского, А. А. Воейкова, которую Василий Алексеевич любил. Снова в Россию он вернулся в 1830 году, став директором канцелярии Морского штаба, и с этой должности был переведен в Оренбург.
Прибыв на место новой службы, Василий Алексеевич столкнулся с оппозицией в лице местной «служилой аристократии», которой молодые годы и «недостаточно крупный чин» нового губернатора внушили пагубное заблуждение относительно его полномочий и субординации. Так, начальник расквартированной в Оренбурге 25-й пехотной дивизии Жемчужников и командир оренбургской бригады не явились к нему для представления, считая, что по чину он ниже их и должен сам к ним явиться. Оба генерал-лейтенанта были уже глубокими старцами, привыкшими безнаказанно своевольничать, но тут, что называется, нашла коса на камень. Перовский «подавил бунт стариков», обратившись с рапортом к военному министру графу Чернышеву: «Как быть в сем затруднительном случае?» Ответ прибыл спешной эстафетой: генерал-лейтенанту Жемчужникову приказано было явиться к генерал-майору Перовскому и доложить ему, что он, генерал-лейтенант Жемчужников, за нарушение правил военной подчиненности получил предложение подать в отставку. Вскоре, дабы более не возникало спорных моментов, Василия Алексеевича произвели в генерал-лейтенанты.
Прочее население Оренбурга и края встретило нового губернатора приветливо, а местная татарская община, поднеся «положенные дары», предложила поселиться в огромном доме мурзы на Николаевской улице.
Столкнувшись с возмутительными фактами захвата русских и пробуя бороться с этим разными способами, Перовский совершенно уверился в действенности только военной силы. Но доклады купцов, чиновников и военных разведчиков, по роду службы или занятий бывавших в Хиве или знавшихся с кочевниками, говорили о том, что война в степи требует серьезной подготовки. Незадолго до назначения в Оренбург Перовского туда был переведен во 2-й линейный батальон капитан Никифоров. Звание его было невелико, и теперь имя капитана известно лишь весьма узкому кругу специалистовисториков, но именно ему принадлежит разработка стратегии и тактики действий против хивинцев, так что все удачи и неудачи русских войск и дипломатии отчасти и его рук дело.