В 1871 году с последними залпами Кавказской войны Аполлинарий Фомич со своим семейством переехал в Екатеринодар, куда он был «по распоряжению Начальства командирован впредь до Высочайшего утверждения для исправления должности Кубанского Губернского Воинского Начальника»[26]
.В Екатеринодаре Рукевичи поселились в центре города, дом их был на углу улиц Крепостной и Посполитакинской[27]
. Мария Гермогеновна, как многие другие жёны офицеров, занялась благотворительностью, став членом Екатеринодарского женского благотворительного общества, а сам Аполлинарий с рвением занялся новым делом. Кроме своих прямых обязанностей Губернского воинского начальника, Аполлинарий Фомич с воодушевлением возлагает на себя другие предлагаемые ему общественные должности. Он становится членом различных комитетов и обществ, его избирают почётным мировым судьёй по Екатеринодарскому судебному округу, на что он 20 июня 1871 года пишет начальнику Кубанской области: «По поводу полученного мною предложения… о назначении меня на должность почётного Мирового судьи в Екатеринодарском мировом округе, имею честь доложить Вашему Превосходительству, что я принимаю обязанность эту с удовольствием и таковое предложение считаю как особенное милостивое Ваше благоволение ко мне»[28].Мирная служба без пороха, выстрелов, казарм и тревог пришлась по душе новому воинскому начальнику, тем более, что ему по делам службы приходилось заниматься с прибывающими из регулярных войск в отпуск офицерами и нижними чинами, среди которых он часто встречал однополчан и сослуживцев. Огромный военный опыт и связи от недавнего боевого прошлого служили опорой Аполлинарию Фомичу в преодолении трудностей на своей новой должности, а присущие ему рвение и ревностное отношение к делу помогали ему в обретении авторитета, как в кабинетах начальства, так и среди подчинённых.
Вскоре наработанный на новом рабочем месте опыт пригодился Аполлинарию Фомичу для решения совершенно новых задач. С 1 января 1874 в свете проведения военной реформы в русской армии был принят «Манифест о всеобщей воинской повинности» и «Устав о воинской повинности», которые ознаменовали переход от принципа рекрутского набора в армии к всесословной воинской повинности. «Защита престола и отечества есть священная обязанность каждого русского подданного. Мужское население без различия состояний подлежит воинской повинности» – было записано в первом пункте нового Устава о воинской повинности.
Полномочия Губернских воинских начальников значительно расширялись, теперь они отвечали за учёт и призыв на воинскую службу юношей достигших призывного возраста. Подлежало учёту и остальное мужское население, не числящееся в постоянных войсках, но способное носить оружие в возрасте до 43 лет. Этот контингент составлял государственное ополчение, которое должно было обеспечивать возможность быстрого развёртывания армии во время войны. В мирное время ополченцы призывались на учебные сборы по месту жительства. В подчинение Губернских воинских начальников передавались местные войска, а также военные госпитали.
Уже 14 марта 1875 года А. Ф. Рукевич пишет рапорт начальнику Кубанской области генерал-лейтенанту Николаю Николаевичу Кармалину с прошением об освобождении его от обязанностей почётного мирового судьи. «Вследствие сформирования в области местных команд и подчинения мне 1-го и 2-го Кавказских линейных батальонов занятия мои по прямым служебным обязанностям моим настолько расширились, что я затрудняюсь ныне уделять время для занятий в заседаниях съезда мировых судей в Екатеринодаре по возложенному на меня званию почётного мирового судьи… а потому покорнейше прошу Ваше Превосходительство не оставьте распоряжением своим об увольнении меня от означенных выше обязанностей почетного мирового судьи»[29]
Десять лет ещё Рукевич возглавлял непростой участок военного управления Кубанской области. Кроме двух линейных Кавказских и одного местного Екатеринодарского батальонов, в его ведении были также местные военные команды в каждом уезде Кубанской области. Если раньше служба воинского начальника проходила в основном в екатеринодарских кабинетах, то теперь управлять своим хозяйством военачальнику приходилось в постоянных разъездах по области. Эти поездки приносили иногда неожиданные отголоски былых славных лет.
«Как два брата, потерявшие друг друга и снова свидевшиеся неожиданно, мы обнялись, старые соратники… И действительно, разве мы не были братья, разве нас не сбратали бывшие бои, не на одних ли полях мы проливали кровь?.. И слезы, самые радостные слезы катились у нас из глаз…»[30]
– так в мемуарах Рукевич описывает встречу в станице Кавказкой во время одной из своих служебных поездок с бывшим солдатом Мингрельского полка. Это был солдат, с которым они вместе «брали Сочу», а потом встретились в госпитале, куда оба попали после ранения под Кюрюк-Дара.