Принимая участие в работе высшего судебного учреждения России — Сената, Кони имел возможность познакомиться как с существовавшими в нем порядками, так и с самими сенаторами. По его утверждению, большинство из них представляло собой административные отбросы. О сенаторах конца XIX и начала XX века А. Ф. Кони писал как о людях, «которым было зазорно подавать руку или отдавать официальный визит. В среде сенаторов появились губернаторы, засекавшие крестьян во время вымышленных бунтов, и целая вереница неудачных директоров департаментов полиции, которые, хапнув огромное состояние, отпрашивались, оберегая свою драгоценную шкуру, в сенаторы. Мало-помалу характер и состав общего собрания изменился до чрезвычайности, и прежние представители старого консервативного элемента сравнительно с вновь назначенными оказались либералами». Нет ничего удивительного, что в процессе работы в таком окружении отвращение Кони к царским сановникам все более крепло. Он неоднократно с гордостью подчеркивал, что при разрешении важнейших судебных вопросов часто оставался в меньшинстве.
Научная и общественная деятельность Кони получала все большее признание. В 1890 г. Харьковский университет присвоил ему звание доктора уголовного права, а в 1900 году он был избран почетным академиком разряда изящной словесности императорской Академии наук.
Многолетняя судебно-прокурорская деятельность А. Ф. Кони показала ему несовершенство дореволюционной судебной системы и привела к исследованию наиболее актуальных правовых проблем. Среди них особо следует назвать труд «Нравственные начала в уголовном процессе», который не утратил практического интереса и в наше время.
А. Ф. Кони считал, что нельзя ограничивать преподавание уголовного процесса в юридических учебных заведениях лишь чтением лекций о действующих правовых нормах, устанавливающих определенные формы судопроизводства. Он убедительно доказывал, что в деятельности юриста не менее важны нравственные, неписаные начала уголовного процесса.
Как бы ни были хороши законы, определяющие порядок рассмотрения дел в судах, они могут потерять свое значение в неопытных или недобросовестных руках. Подтверждая это положение, А. Ф. Кони приводит народную поговорку: «Не суда бойся, бойся судьи». Ссылаясь на французского криминалиста Ортолана, он подкрепляет вывод о том, что честный гражданин может не подпасть под действие плохих уголовных законов, но тот же человек не может избежать дурного отправления правосудия, которое самый справедливый уголовный закон обращает в ничто.
Используя богатый материал своей судебной практики, А. Ф. Кони убедительно показывал в «Нравственных началах», что судья не имеет права решать вопросы, исходя из принципа
Раскрывая роль и значение этики в осуществлении правосудия, А. Ф. Кони глубоко анализирует деятельность судьи, прокурора и адвоката при разрешении уголовных дел. Затронутые в «Нравственных началах» вопросы, касающиеся прокурорской деятельности, показаний обвиняемого и свидетелей, освещены и в других работах Кони: «Приемы и задачи обвинения», «Обвиняемый и свидетели», «Свидетели на суде».
Интересны также судебные выступления Кони. Трудно переоценить практическое значение его ораторских приемов. Содержание и стиль его речей захватывали слушателя и читателя. Для них характерна строгая логика, глубокая аргументация, тонкий психологический анализ действий подсудимого, объективный и обстоятельный разбор доказательств. Особенно поучительно умение оратора использовать все материалы дела для обоснования своей точки зрения. Необходимо отметить безукоризненную форму выступлений Кони. Его классическое ораторское наследие остается для советских юристов живым и в настоящее время.
В большинстве судебных речей А. Ф. Кони, особенно в кассационных заключениях, содержатся оригинальные суждения по отдельным теоретическим вопросам уголовного права и процесса, которые по существу служили научными комментариями законов.
Несомненно, что труды Кони по вопросам права — выдающееся явление в отечественной юридической науке. В них развиваются и защищаются демократические положения уголовного судопроизводства. Огромна роль А. Ф. Кони и в развитии процессуальных правовых взглядов. Его личное отношение к исполнению обязанностей судьи и прокурора в высшей степени поучительно.
А. Ф. Кони был уже виднейшим юристом, но, несмотря на проявленную настойчивость, он не смог добиться права читать в Петербургском университете курс, посвященный судебной этике, имеющий большое значение для формирования взглядов будущих юристов.