Несмотря на жестокий оккупационный режим, советские патриоты продолжали борьбу. Они отказывались от поставок оккупантам продовольствия, уклонялись от уплаты налогов. Молодежь противилась отправке в Германию.
В городе Печоры и районе действовала большая и тщательно законспирированная подпольная группа Серафима Соколова. Ее участники проводили большую агитационно-пропагандистскую работу среди населения, совершали налеты на вражеские объекты.
Группа Соколова пустила под откос пять эшелонов с военной техникой и живой силой врага, дважды взрывала большой железнодорожный мост за станцией Орава в Эстонии, сожгла склад с фуражом на станции Ирбоска, карала власовцев и других изменников Родины. Руководитель группы Соколов весной 1944 года был схвачен фашистами и погиб в таллинской тюрьме. Там же расстреляли его жену и других участников группы.
В марте 1944 года в Тартуский уезд Эстонии для выполнения особого задания в тылу врага были сброшены на парашютах Павел Корнев и Василий Орлов, жители Печор, и Петр Арский («Сибиряк»). С большими трудностями отважные патриоты добрались до Печор, где развернули подпольную работу. К ним вскоре присоединились 17 человек, главным образом жители города. В мае того же года группу выдал провокатор. Корнев, Орлов, Арский и еще несколько человек были расстреляны. Остальных отправили в таллинскую тюрьму «Батарея», а потом в концентрационные лагеря в Германию. Лишь немногим из подпольщиков удалось дождаться освобождения войсками Советской Армии. Среди них была Туся-партизанка, как тогда называли Татьяну Тимофеевну Никонову, проживающую ныне в Печорах.
Партизаны, действовавшие на оккупированной территории Псковской области, зимой 1944 года совершили смелый рейд на деревню Печки, расположенную в 29 километрах от Печор, где находилась немецкая разведывательная школа войск «СС». Они захватили руководителя этой школы, немецкого майора, и увезли с собой.
В то тяжелое для страны время монахи Печорского монастыря сотрудничали с гитлеровцами и изменниками Родины, предавали патриотов и вели антисоветскую пропаганду, восхваляя фашистский «новый порядок». И все это совершалось под сенью «святого креста», с именем бога на устах.
Фашистские захватчики отводили деятельности духовенства на временно оккупированной территории нашей страны особую роль. Они рассчитывали, что с помощью церкви им удастся сломить дух советского народа, ослабить его сопротивление оккупантам. Поэтому в захваченной Прибалтике сразу же был создан так называемый Балтийский экзархат (то есть самостоятельная от московской патриархии православная церковь). Возглавил его экзарх Литвы, Латвии и Эстонии митрополит Сергий (Воскресенский), который остался на оккупированной территории с единственной целью - привлечь служителей церкви к активной помощи фашистам. Этот властолюбивый экзарх в то же время был и настоятелем Печорского монастыря. Своим наместником он назначил предателя Родины иеромонаха Павла (Горшкова) и возвел его в сан игумена.
С первых дней оккупации монахи печорской обители и некоторые из оставшихся на оккупированной территории священники стали оказывать помощь врагу, восхваляли гитлеровский режим, вели антисоветскую пропаганду. Но предательство одиночек не устраивало оккупантов. По согласованию с немецкими властями экзарх Сергий создал в августе 1941 года так называемую «Православную миссию в освобожденных областях России», центр которой находился в Пскове. Миссия должна была содействовать фашистским властям и внушать населению доверие к немецкой армии.