В августе 1942 года Сергий созвал в Риге совещание архипастырей из оккупированных прибалтийских республик и областей Северо-Западной зоны РСФСР.
В принятой резолюции выносилась благодарность Гитлеру «за освобождение от большевистского ига» и было заявлено об отмежевании от политики московского митрополита, который в 1942 году выступил с воззванием к верующим об оказании сопротивления германской армии.
В это же время в Печорском монастыре при участии игумена Павла (Горшкова) совершались молебствия о даровании господом сил и крепости германской армии. Но не только молитвами выражали монахи свою преданность фашистам. На их совести немало человеческих жертв. В конце 1941 года Горшков выдал гитлеровцам троих советских граждан, искавших в монастыре убежища от преследования фашистов. Все, о чем узнавал Горшков от доверчивых прихожан, становилось известно немцам. Ближайшей помощницей Горшкова была его сожительница Эльза Грюнберг.
Монах Лин (Илья Никифоров) до монастыря служил в приходах Лядского и Гдовского районов. Там он согласно подписке, данной благочинному Гдовского округа Иоанну (Легкому), всемерно помогал «германскому командованию по выявлению лиц, враждебно настроенных по отношению к немецким властям и мероприятиям, проводимым ими». Это подлое обязательство священник Никифоров - монах Лин выполнял ревностно. По его доносам погибло много советских граждан. Предателю помогал некто Борис Михайлов, который после войны подвизался в Печорском монастыре, но был осужден за развращение малолетних.
Послушник монастыря Ефим Костенко (он же Петров) в 1919 году, будучи в рядах Красной Армии, с оружием в руках сдался в плен и добровольно пошел в армию Юденича. Затем он служил в разведывательном батальоне белоэстонской армии. Боясь ответственности за свои преступления, Костенко не возвратился на родину после окончания гражданской войны, а стал работать у кулаков в Лавровской волости. В 1929 году он пришел в Печорский монастырь. В период немецкой оккупации Костенко лично принимал участие в зверских расправах над советскими гражданами. В июне 1942 года он вместе с полицейскими расстрелял пятерых человек. Костенко хвастался братии монастыря, что он сам лично убил мужчину и женщину. Он был участником расстрелов советских людей осенью 1943 года и в июне 1944 года. На эти кровавые дела послушника благословлял «во славу господа» сам игумен монастыря.
В годы гитлеровской оккупации Печорский монастырь был местом встреч высшего духовенства Балтийского экзархата. Одна из них состоялась в конце августа 1943 года. Фашистские офицеры вместе с архипастырями присутствовали на молебне и крестном ходе в честь иконы божьей матери, а затем собрались в Сретенском храме, где были расставлены длинные столы со всевозможными яствами и напитками. На приеме присутствовало более ста человек.
Гитлеровскими прислужниками были обитатели монастыря. Именно здесь нашел поддержку предатель нашей Родины Власов. Экзарх Сергий, игумен Павел и другие приспешники фашистов из духовенства обратились к верующим с воззванием, именем бога призывая вступать в так называемую «РОА» (Русская освободительная армия).
Под мощными ударами Советской Армии фашистские полчища откатывались все дальше и дальше на запад. Приближался час освобождения Печор. В то время в монастыре совершалось новое преступление: с ведома и при участии монахов гитлеровцы разграбили накопленные веками сокровища монастырской ризницы. Гебитскомиссар Беккинг потребовал от Горшкова, чтобы об отправлении и месте хранения «монастырского имущества» (так он называл ценности) знал только небольшой круг лиц. Назначенные Горшковым иеромонах Серафим (Розенберг), иеродьякон Вукол (Николаев), дьякон Илья (Нечаев) и послушник Серафим (Селиванов) подготовили ценности к отправке в Германию. По свидетельству очевидцев, только в один ящик было упаковано 525 предметов из драгоценных металлов.
Немцам были отданы все ценности из монастырской ризницы и подготавливались к отправке другие вещи - старинные иконы, ризы и т. п. Но вывезти их фашисты и монахи не смогли. Советские войска, изгнав оккупантов, освободили город.
Советский суд справедливо и сурово покарал Горшкова и других предателей Родины. С экзархом Сергием фашисты расправились сами, инсценировав несчастный случай, - обычный метод гестапо избавляться от живых свидетелей.
В боях за Печоры особенно отличились бойцы и офицеры 1025-го стрелкового полка, которым командовал подполковник Быков, и 309-го стрелкового полка. В результате стремительного наступления Советской Армии противник не успел разрушить город; здания сохранились, но жителей оказалось мало: одних угнали в Германию, другие скрывались з лесах.
С первых дней освобождения в городе и районе были восстановлены местные органы власти, налажена торговля. В знак благодарности своим освободителям трудящиеся города и района собрали из личных сбережений 563 132 рубля, 3580 пудов хлеба и других продуктов. Собранные средства пошли на создание боевого самолета «Петсерский крестьянин» (Печоры тогда по-эстонски назывались Петсери).