Френкель заявил также, что инициатором проблем для «ВИП-банка» был вообще не Козлов, а зампред Центробанка Виктор Мельников. Именно последний, по его словам, курировал департамент финансового мониторинга и валютного контроля ЦБ, вынесший заключение о несоответствии «ВИП-банка» критериям отбора в систему страхования вкладов. «Департамент, курируемый Мельниковым, – написал следствию обвиняемый Френкель, – умышленно провоцировал Козлова, создавал у того впечатление, что «ВИП-банк» его обманывает». Френкель, по его словам, в 2006 году несколько раз встречался с полковниками ФСБ, которые расследовали «коррупцию в Центробанке», и один из фээсбэшников якобы ему даже заявил: «Мы хотим не просто подвести кого-то в Центробанке к увольнению. Мы хотим, чтобы вывели в наручниках того же Козлова или Мельникова. Наше руководство уже докладывало президенту РФ о ситуации с Центробанком, и сейчас мы занимаемся сбором доказательств». По мнению Алексея Френкеля, Козлова устранили его же коллеги – высокопоставленные чиновники, которые опасались результатов проверки ФСБ.
24 января 2008 года заместитель генпрокурора Виктор Гринь утвердил обвинительное заключение и направил дело в Мосгорсуд. 3 марта 2008 года Алексей Френкель предстал перед судом присяжных. На скамье подсудимых оказались семеро обвиняемых.
Гособвинитель Гульчехрай Ибрагимова рассказала присяжным, как было совершено убийство высокопоставленного банкира и его водителя. По ее словам, первый зампред Центробанка Андрей Козлов «активно боролся с банками, которые занимались отмыванием денежных средств». В число таких банков входили подконтрольные Френкелю «ВИП-банк», «Орион», РТБ, а также «Европроминвест», которые по инициативе Андрея Козлова не были включены в систему страхования вкладов, а потом и лишились лицензий. Из-за этого, по словам Ибрагимовой, Френкель, потерпевший огромные финансовые убытки, и решил убить Андрея Козлова.
По данным следствия, исполнителей преступления Френкель нашел в апреле 2006 года с помощью Лианы Аскеровой. Она, в свою очередь, встретилась с Борисом Шафраем, которому передала просьбу Френкеля. Шафрай привлек к делу украинского предпринимателя Погоржевского, который подобрал в качестве киллеров выходцев с Украины Половинкина, Прогляду, Белокопытова и Касмынина. Вначале убийство Козлова Аскерова оценила в $200 тыс., но потом потребовала дополнительно еще $110 тыс. Как установило следствие, $200 тыс. достались посреднику Погоржевскому. $90 тыс. Аскерова оставила себе. Таким образом, киллеры получили всего $20 тыс., из которых стрелки Прогляд и Половинкин – по $8,5 тыс. Вместе с деньгами Френкель передал исполнителям через Аскерову конверт с фотографиями Козлова, распорядком его рабочего дня и номером служебной машины.
Первая попытка ликвидировать Козлова была предпринята в конце июня 2006 года, когда он вместе с семьей находился в доме отдыха Центробанка в Псковской области. Однако приехавшие туда киллеры Козлова там не застали – он был вынужден вернуться в Москву по делам.
На вопрос, понятна ли ему суть обвинения, Френкель ответил так: «Я не понимаю. Это не обвинение, а клевета, просто помоями какими-то обливают». Назвав выступление прокурора «романом детективного жанра», Френкель свою вину не признал. Не признали ее и остальные подсудимые, хотя во время следствия все три исполнителя не только признались в содеянном, но и рассказали, как именно было совершено преступление.
14 марта 2008 года дал показания председатель Центробанка Сергей Игнатьев. Он подтвердил, что Козлов незадолго до убийства получал анонимное письмо с угрозами. Кроме того, глава ЦБ вспомнил, что в письме упоминались банки, ранее принадлежавшие подсудимому Френкелю. По версии следствия, Френкель мог заказать убийство Андрея Козлова именно из-за отказа последнего включить эти банки в систему страхования вкладов. Говоря об обстоятельствах отказа коммерческим банкам во вступлении в систему страхования вкладов (ССВ), Игнатьев пояснил, что таких банков, которым отказали в 2005–2006 годах, было около двухсот. При этом он лично рассматривал заявки банков на вступление в ССВ, а решения об отказе принимались коллегиально. «В большинстве случаев я отказывал, и когда речь зашла о «ВИП-банке», я также принял решение отказать», – заявил Игнатьев. В конце допроса он резюмировал: «Деятельность Андрея Андреевича Козлова, ЦБ и его руководителя может вызывать недовольство каких-то лиц, в том числе из криминальной среды, – это очевидно для всех нас. Криминальная среда может отреагировать весьма жестко. Кроме этого анонимного письма, каких-то аналогичных случаев я не помню».