Процесс по делу об убийстве Козлова ознаменовался рядом скандалов. 25 марта 2008 года Мосгорсуд закрыл его для публики. Сделано это было по требованию гособвинения для обеспечения безопасности его участников. Дело в том, что после начала слушаний вдова Козлова Екатерина стала получать по телефонам угрозы от неизвестных лиц. В связи с этим она обратилась с заявлением в милицию. Кроме того, обвинение посчитало, что СМИ, освещая процесс, допускают ошибки, а адвокаты, комментируя судебное разбирательство в тех же СМИ, могут оказывать давление на присяжных.
Закончилось скандалом и заседание Мосгорсуда в апреле 2008 года. Сначала главный обвиняемый Френкель заявил, что суд ущемляет его право на защиту, и за пререкания с судьей был удален из зала. Затем после объявленного в процессе перерыва шестеро остальных обвиняемых в знак солидарности с подсудимым Френкелем отказались входить в зал заседаний даже под угрозой применения силы. «Это уже не первый случай, когда мой подзащитный выражает протест по поводу действий суда, – заявил адвокат Френкеля Руслан Коблев. – На протяжении всего процесса суд отказывается допрашивать свидетелей защиты в присутствии присяжных заседателей. Я могу объяснить это только тем, что их показания фактически опровергают всю версию обвинения».
В июле 2008 года председательствующая на процессе Наталья Олихвер сделала сенсационное заявление. Судья сообщила, что занимающие десять томов уголовного дела результаты детализации телефонных переговоров подсудимых по делу признаны недопустимыми доказательствами.
На этом же заседании обвиняемый Борис Шафрай заявил коллегии присяжных, что Аскерова обратилась к нему в начале мая 2006 года, и он сразу начал искать своего знакомого Богдана Погоржевского, однако их первая встреча состоялась только в «середине июня 2006 года» (следствие же утверждало, что заказ на устранение Андрея Козлова был получен киллерами еще 28 апреля 2006 года. –
В июле 2008 года из коллегии присяжных были выведены три человека: один – по подозрению в подкупе запасных заседателей, двое – за распитие пива в общественном месте. А 2 октября 2008 года из процесса вышел очередной присяжный, на этот раз старшина заседателей Владимир Еникеев. Таким образом, в деле об убийстве Козлова осталось двенадцать основных и один запасной присяжный.