С мая 1992-го по май 1994 года Бадри – заместитель генерального директора АО «ЛогоВАЗ», с июня 1994 года – первый заместитель генерального директора. С 1994 года он возглавлял фирму «Лада-инжиниринг», входящую в состав «ЛогоВАЗа»; был вице-президентом ассоциации «Российские автомобильные дилеры» (1994–1995).
В декабре 1995 года ЗАО «Нефтяная финансовая компания», совладельцем и председателем совета директоров которого был Бадри, купило 51 % акций «Сибнефти». В 19961999 годах Патаркацишвили возглавлял совет директоров Объединенного банка. Также считается, что он совместно с Борисом Березовским владел 25 % «Русского алюминия».
С середины 1990-х годов Патаркацишвили участвует и в медийном бизнесе своего партнера. Он занимал должность заместителя генерального директора телеканала «Общественное российское телевидение«(ОРТ) по коммерции; был первым заместителем председателя совета директоров ОАО «Общественное российское телевидение». За полгода установив контроль над телеканалом, он стал его директором по коммерции и финансам, а на пике карьеры – председателем совета директоров «Первого канала». Тогда же господин Патаркацишвили впервые столкнулся с российскими правоохранительными органами. В марте 1995 года его допрашивали по делу об убийстве гендиректора телекомпании ОРТ Владислава Листьева. В СМИ высказывались версии, что убийство было организовано по заказу Бориса Березовского, желавшего контролировать рекламные доходы канала. Тогда обвинений ему не предъявили.
В 1999 году под контроль Бориса Березовского переходит телеканал ТВ-6. В марте 2001 года Бадри Патаркацишвили, будучи исполнительным директором ОРТ, становится еще и генеральным директором ТВ-6. Другими российскими медийными активами двух бизнесменов были издательский дом «Коммерсантъ», «Независимая газета», «Новые Известия» и журнал «ТВ-Парк».
Но политика, которой Патаркацишвили долго сторонился в России, нашла его сама. 7 декабря 2000 года в рамках дела «Аэрофлота» был арестован и помещен в изолятор «Лефортово» Николай Глушков. По словам самого Патаркацишвили, это дело изначально было направлено против Березовского. В зависимости от взаимоотношений Березовского с властью оно или закрывалось, или снова возобновлялось. Когда Березовский помогал Путину на выборах, Генпрокуратура закрыла дело. Когда пошел против Путина – возобновила.
Партнеры поняли это быстро. Как и то, что одним из главных элементов политики «равноудаления олигархов» станет перехват контроля над средствами массовой информации, и над ТВ – в первую очередь. Они решили, что их медиа-активы представляют предмет торга с властью, а качество этих активов обеспечивает сильную переговорную позицию. Требования Кремля, как утверждал Патаркацишвили, сводились к тому, чтобы партнеры «продали медиаимперию, а Березовский прекратил политическую деятельность».
Бадри Патаркацишвили: «Я назначил себя генеральным директором ТВ-6»
– <…> Я продолжал переговоры с представителями власти об освобождении Глушкова из-под стражи и получил предварительное согласие при условии, что Глушков немедленно покинет страну.
– С кем именно из представителей власти?
– С Сергеем Ивановым, он тогда еще был секретарем СБ <…> и действовал по поручению Путина. Мне было предложено заниматься любым бизнесом, но противопоказано заниматься политикой и массмедиа <…> Я назначил себя генеральным директором ТВ-6, исходя только лишь из того, что если все же нам придется договариваться с властью, то лучше это делать со мной.
Покупателем ТВ-6 (опять-таки по словам Бадри Патаркацишвили) был «назначен» Вагит Алекперов. Но с ним договориться не удалось, и противостояние предпринимателя с властью перешло в «открытую фазу». Глушков был пойман при попытке побега, а Патаркацишвили перебрался в Грузию, не оставляя, правда, усилий вытащить своего друга из тюрьмы.
В результате 30 октября 2002 года Басманный суд Москвы по ходатайству Генпрокуратуры выдал санкцию на арест Бадри Патаркацишвили по делу о хищении около 2000 автомобилей при проведении «ЛогоВАЗом» в 1994–1995 годах взаимозачета с «АвтоВАЗом» и администрацией Самарской области. Предприниматель был снова объявлен в международный розыск.