К тому времени у себя на родине Бадри Патаркацишвили пользовался огромным авторитетом. Его активное участие в грузинском бизнесе вызвало искренний энтузиазм как грузинских властей, так и делового сообщества. Деньги и авторитет Бадри позволяли ему помимо всего остального выступать своего рода посредником, арбитром во многих вопросах, где пересекались интересы властей и бизнеса.
В Грузии он занялся в основном медийным бизнесом: создал телекомпанию «Имеди», купил доли в телекомпаниях «Мзе» и «Первое стерео». Вместе с Борисом Березовским приобрел паи в фонде Bary Discovered Partners, владеющем целым рядом предприятий пищевой промышленности в Грузии и Сербии. Владел 49,9 % грузинского сотового оператора Magticom, долями в футбольном и баскетбольном клубах «Динамо» (Тбилиси), а через британскую компанию Media Sports Investement контролировал 51 % акций бразильского футбольного клуба «Коринтианс».
В Грузии Патаркацишвили в начале и середине 2000-х годов вел все более широкую общественную и политическую деятельность. Он возглавил Федерацию бизнесменов Грузии, купил столичный цирк, финансировал борцов, пловцов и шахматистов, вложил крупные средства в реконструкцию древней грузинской столицы Мцхета и в строительство нового кафедрального собора Святой Троицы в Тбилиси. В 2002 году Патаркацишвили предоставил тбилисской мэрии беспроцентный кредит в $1 млн для оплаты российского природного газа, когда Москва пригрозила прекратить газоснабжение Грузии в связи с ростом задолженности.
17 декабря 2004 года Патаркацишвили был избран президентом Национального олимпийского комитета Грузии. В 2005-м – президентом только что созданного Всемирного еврейского телевидения. Кандидатура Патаркацишвили на этот пост была выдвинута на заседании Всемирного конгресса евреев, проходившем в Иерусалиме.
На его положении не особо сказался даже очередной конфликт с правоохранителями. В феврале 2005 года прокуратура Бразилии начала расследование возможных финансовых нарушений в футбольном клубе «Коринтианс», инвестором которого вместе с Борисом Березовским был Бадри Патаркацишвили. По данным следствия, клуб использовался для отмывания денег.
Но репутация Бадри в Грузии была безупречна, а позиции казались незыблемыми.
К 2007 году он владел 70 % акций грузинского медиахолдинга «Имеди» (тогда холдинг оценивался в $300–400 млн), 78 % акций телеканала «Рустави-2», 51 % акций телекомпаний «Мзе» и «Первое стерео». Всего он контролировал 80 % грузинского телерынка.
Активы фонда Bary Discovered Partners оценивались в $1 млрд. Фонд владел корпорацией Georgian Glass and Mineral Waters (производитель грузинской минеральной воды «Боржоми» и украинских «Миргородской» и «Моршинской») с оборотом более $120 млн, кондитерской фабрикой Bamby и молочным заводом Imlek в Грузии. В 2007 году газета Georgian Times оценила состояние Бадри Патаркацишвили в $12 млрд.
В его владении еще оставались и доли в российских активах, и авторитет в российских деловых и властных кругах. Именно через Бадри в 2006 году Борис Березовский продаст лояльному Кремлю предпринимателю Алишеру Усманову ИД «Коммерсантъ».