Важно подчеркнуть, что снятие анафемы было сделано за спиной всей полноты Православной церкви. Лишь небольшой телеграммой предстоятели поместных Православных церквей были уведомлены о свершившемся факте. Патриарх Афинагор представлял только 1% православных верующих, так что совершенный им акт был неканоническим и не обязывал православных принимать его. О его неканоничности и незаконности тогда говорили все видные богословы, канонисты и иерархи. Абсолютно все подчеркивали, что снятие анафем 1054 г. было бы возможно только после отказа Рима от своих заблуждений и только на Вселенском Православном Соборе. Но эти два обязательных условия не были выполнены. Наиболее жесткая и принципиальная позиция среди православных была в то время занята Архиепископом Афинским Хризостомом И, который назвал действия патриарха Афинагора дерзким вызовом православию. Не признал этот шаг и Святейший Патриарх Московский Алексий (Симанский), который в своей ответной телеграмме предстоятелю Элладской Церкви указал на невозможность даже говорить о каком-то соединении с Римом по причине многочисленных догматических отступлений католицизма.
В 1967 г. состоялась новая встреча папы с патриархом в Стамбуле, в ходе которой они взаимно признали друг друга, а в октябре 1967 г. Афинагор посетил Рим, где провел совместную службу с Павлом VI. В экуменических кругах патриарха Афинагора считали "пророком нового времени", "духовным отцом православного ренессанса". Так что именно на него и его преемников Ватикан будет возлагать главные надежды в стремлении добиться реформирования Православных церквей на Востоке и признания ими примата Римского понтифика.
В этих же целях была серьезно активизирована понтификальная дипломатия в Восточной Европе. Развивая начатую Иоанном XXIII Восточную политику, Павел VI стал налаживать контакты с руководителями восточноевропейских стран и СССР, пригласив в 1967 г. в Ватикан В.П. Подгорного, А.А. Громыко, маршала И.Б. Тито, Я. Кадара и Э. Терека. Важную роль в налаживании контактов с Православными церквами играл заместитель госсекретаря Ватикана кардинал Агостино Казароли, участвовавший в 1975 г. в Конференции по безопасности и сотрудничеству в Европе (Хельсинки) для "внесения католической лепты в достижение уважения фундаментальных прав человека, включая религиозную свободу".
МИРСКАЯ ЦЕРКОВЬ ПАВЛА VI
Наряду с идейным обновлением в церкви происходили и организационные изменения. В целях претворения в жизнь епископальной коллегиальности в 1965 г. был создан новый институт - Синод епископов, наделенный консультативными полномочиями, который при Павле VI собирался 5 раз. Одновременно в целях централизации руководства в 1967 г. была предпринята реформа курии, укрепившая Государственный секретариат. Перемены произошли и в сфере контроля за цензурой: вместо Священной Канцелярии - символа инквизиции - была создана Конгрегация по делам доктрины веры, во главе которой был поставлен югославский кардинал Франциск Сепер, известный своими обновленческими взглядами, заменивший итальянского кардинала консерватора Оттавини. Вместе с тем в 1969 г. была сформирована Международная теологическая комиссия, которая призвана была претворять в жизнь решения собора, не допуская их слишком произвольного толкования, которое могло бы привести к неподконтрольным процессам в церкви. Состояла она из таких видных теологов и ведущих кардиналов, как Ратцингер, Бальтазар, Конгар и др.
Однако более важные изменения коснулись скрытого уровня управления Св. Престолом, ставшие отражением нового характера отношений между церковными иерархами и итальянской политической элитой. Речь идет о тесном союзе, который был установлен между Павлом VI и представителями влиятельных итальянских масонских кругов в целях недопущения укрепления в стране позиций левых сил и в первую очередь коммунистов.
Главную роль в обеспечении этого союза сыграли все те же спецслужбы Ватикана, Священный Альянс (СА) и Sodalitium Pianum (SP). Находясь в состоянии бездействия в годы понтификата Иоанна XXIII, при Павле VI они заработали в полную силу, получив фактически второе дыхание. Если традиционно одним из главных направлений деятельности папской контрразведки был сбор информации об агентах масонских лож в Ватикане в целях противодействия их деятельности, то теперь задачи изменились на противоположные. С 1968 г. в течение трех лет SP вела активное расследование, собрав к 1971 г. объемный материал, воссоздававший полную картину всех связей масонов в различных отделах Ватикана, после чего Павел VI лично попросил главу контрразведки прекратить следствие по этому делу и распорядился поместить материалы в Тайный архив. С тех пор, как пишет исследователь Фраттини, никто не занимался поиском масонов в стенах Ватикана.