Во главе СА был поставлен священник Паскуале Макки, ставший личным секретарем и доверенным лицом папы, который установил активное взаимодействие разведывательных органов с масонами. Самым влиятельным из них был банкир Микеле Синдона, которого папа назначил своим советником по финансовым вопросам, а затем поставил во главе Института по делам религии (ИДР), называемого Банком Ватикана. Кроме Синдоны руководителями банка стали уже упоминавшийся Умберто Ортолани, а также Личо Джелли - оба члены ложи "Пропаганда-2" (Р-2), одной из самых могущественных и жестоких тайных неофашистских организаций Италии, ставящей целью уничтожение в стране парламентской демократии. Как указывал французский журналист Пьер Карпи, в ложу входили многие епископы и кардиналы, и она была связана с английской Объединенной ложей. В просочившемся в прессу докладе утверждалось, что "масоны разбили Ватикан на восемь секций, в которых действуют четыре масонские ложи, соблюдающие шотландский ритуал, и что члены этих лож, высокопоставленные чиновники крошечного государства Ватикан, вошли в братство каждый сам по себе и, кажется, не опознают друг друга даже по трем постукиваниям кончиком большого пальца".
В списке важных масонов Ватикана, составленном SD и похороненном в Тайном архиве, фигурировали кроме известного кардинала Беа также госсекретарь Ватикана кардинал Жан Вийо, заместитель госсекретаря кардинал Агостино Казароли, префект Святейшей епископской конгрегации Себастьян Баджо, архиепископ лилльский Ашиль Ленар, сам Паскуале Макки и др.
Характерно также, что когда в 1974 г. руководство С А и SP по личному указанию Павла VI начало операцию Nessun Dorma ("Никому не спать") по сбору информации о недостатках в департаментах и актах коррупции чиновников Ватикана, собранный в связи с этим обширный материал был похищен неизвестными лицами. Однако папа приказал всем, участвовавшим в проведении расследования, хранить по этому поводу обет "понтификальной тайны", нарушение которого влекло за собой отлучение и изгнание из лона Католической церкви. С тех пор к этой теме больше не возвращались, а подобных расследований уже никогда не проводилось.
Что касается Банка Ватикана (ИДР), то наряду с разведывательными органами он принадлежит к числу самых засекреченных папских служб. Основанный в 1887 г., он был реформирован при Пие XII в 1942 г. таким образом, чтобы избежать инспекции фашистских властей. Он никогда не считался официальным учреждением Ватикана, а существовал как особая организация, без видимой связи с делами церкви или другими подразделениями Св. Престола. Как писал исследователь Т.Ж. Рис, "ИДР - это банк папы, поскольку в определенном смысле он является его единственным и уникальным акционером. Он им обладает, он его контролирует". В силу этого банк не подвергался никаким аудиторским проверкам внутренних или внешних агентств, мог всегда легко переводить средства за рубеж, в любую точку планеты, что стало возможным для других европейских банков только в 90-е гг. в связи с либерализацией перемещения капиталов. Эти преимущества создавали возможности для различного рода махинаций и нарушений международных законов о финансовой деятельности, поэтому банк стал причиной бесчисленных скандалов, будучи замешан в продаже оружия конфликтующим сторонам, учреждении обществ-призраков в фискальных райках, финансировании государственных переворотов, отмывании денег мафии и пр. Как пишет Фраттини, "он нарушил сотни международных финансовых законов, но ни один из его руководителей никогда не был судим ни одним земным судом".
В 1967 г. Павел VI создал Генеральное бухгалтерское бюро, которое получило название "Ватиканская префектура Святого Престола по экономическим вопросам", руководителю которой было запрещено "понтификальным секретом" говорить на любые касающиеся ее темы. Отвечавший за работу префектуры обнаружил, что в Банк Ватикана каждую неделю без каких либо объяснений поступали миллионы долларов неизвестного происхождения, направлявшиеся на номерные счета в швейцарских банках и в учреждения, принадлежавшие личному банкиру папы Микеле Синдоне. Из этих денег финансировались мятежи и государственные перевороты, подобные тому, что произошел в Греции в апреле 1967 г., в результате которого был установлен режим "черных полковников".