Многие исследователи определяют учение Эскрива как католический вариант кальвинизма. Вместе с тем некоторые еврейские источники указывают на его близость к иудаизму. Это, например, утверждает Анхель Крейман, бывший главный раввин Чили и вице-президент Всемирного совета синагог, являющийся сотрудником "Опус Деи". В своем выступлении на посвященном Эскрива конгрессе, состоявшемся в Риме в 2002 г., он, в частности заявил: "Многие идеи Хосе-марии Эскрива вызывают в памяти талмудические традиции и демонстрируют его глубокое знание мира евреев, а также его страстную любовь, о которой он открыто говорил, к двум евреям - Иисусу и Марии... Более всего его учение уподобляется иудаизму в призыве к людям служить Богу своей созидательной работой, каждый день совершенствовать мироздание (в каббалистической доктрине - Tikkun Olam - "восстановление мира" путем совершенствования работы").
В связи с этой близостью орденского учения к талмудической традиции оппоненты Эскрива иногда критиковали его и "Опус Деи" за "тайный иудизм". Боле того, в 1994 г. колумбийское издательство Orion Publications выпустило книгу "Opus Judei" (автор взял псевдоним Хосе Мария Эскрива), в которой прослеживаются связи между финансовыми операциями "Опус Деи" и "международным сионизмом" и утверждается, что символика и терминология ордена по большей части заимствована из иудейских кабалистических обычаев.
Другая особенность "Опус Деи", обеспечивающая крайнюю эффективность его работы, заключается в том, что он создан по модели секты, в которой жесткая структура управления, централизованное иерархическое устройство и железная полувоенная дисциплина (полное подчинение духовному руководству) сочетаются с сетевым типом организации. Орден основан на строго клерикальной и иерархичной конституции, в которой священники, объединенные в Священническое общество Святого Креста, играют определяющую роль и заняты просвещением мирян. Дисциплина выражается в строгом подчинении своему начальнику, в соответствии с указаниями Эскрива: "Миряне могут быть только учениками", "если ты хочешь спастись, подчиняйся", "повинуйся, как повинуется инструмент в руках артиста, не останавливающийся перед тем, чтобы размышлять". В результате члены "Опус Деи" оказываются в закрытом, замкнутом мире, будучи абсолютно уверены, что именно здесь они достигают полной свободы самореализации. Характерно, что когда в 1986 г. Святой престол опубликовал материал "Сектантский феномен или новые религиозные движения: вызов священникам", посвященный анализу протестантских евангелических организаций, Американская ассоциация бывших членов "Опус Деи" (ODAN) заявила, что критерии, установленные Ватиканом для определения сект, полностью применимы к ордену Эскрива. В некоторых европейских государствах, парламентарии также рассматривают "Опус Деи" как секту (в частности, в Бельгии).
Все члены общества подразделяются на Три ступени: нумерарии (священники и миряне) - штатные, являющиеся полными членами организации и выполняющие руководящие функции, обладающие университетским образованием, живущие в целибате, соблюдающие все обеты и правила, отдающие весь заработок в пользу организации ордена (20% членов); аггрегати - штатные члены, которые также холосты и отчисляют часть своего заработка (25%); супарнумерарии - сверхштатные, могущие состоять в браке (50%). Наконец, в ордене существует также категория "сотрудников", которые официально не являются членами организации, а числятся ее сторонниками (как Анхель Крейман). В 1950 г. орден получил согласие Ватикана на то, чтобы в списки этих "сотрудников" включались не только нехристиане, но даже неверующие, что резко расширяет круг его охвата.
В соответствии с этой структурой строится вся деятельность ордена, представляющая собой также трехуровневую систему. Главную роль играют официальные центры и учреждения, представляющие духовную прелатуру. Несмотря на то, что число священников не превышает 2,1% членов, они играют определяющую роль и выполняют главные управленческие функции.
Затем идут организации, создаваемые правоверными мирянами, как членами, так и сочувствующими и симпатизирующими ордену. К ним относятся университетские центры, центры профессионального обучения, часто регистрируемые как фонды, культурные центры, ассоциации, институты, где и происходит рекрутирование основной массы молодежи. В названиях этих организаций не присутствует название "Опус Деи", но они связаны с ним теснейшим образом на религиозном уровне. Часто "Опус Деи" берет на себя ответственность за духовные аспекты их деятельности, что указывается в соответствующих проспектах этих организаций ("духовное воспитание доверено "Опус Деи", личной прелатуре Церкви").