В апреле 1991 г. Иоанн Павел II выступил с речью, в которой заявил о необходимости политических изменений в Югославии, выделив культурные, исторические, религиозные и лингвистические различия ее народов. После того, как в июне 1991 г. Словения и Хорватия провозгласили в одностороннем порядке свою независимость и спровоцировали этногражданскую войну в Югославии, Ватикан развернул активную деятельность, направленную на их международное признание. В ноябре того же года кардинал Содано пригласил послов США, Франции, Великобритании, Бельгии, Италии, Германии и Австрии для ознакомления их с позицией Ватикана и настаивал, чтобы их страны признали Словению и Хорватию в течение месяца. Посол США Мелади, описавший эту встречу, был убежден, что между Ватиканом, Германией, Италией и Австрией уже существовали предварительные договоренности, поскольку послы этих стран с воодушевлением поддержали предложение Св. Престола. 13 января 1992 г. Ватикан вторым после Германии (которая это сделала 23 декабря 1991 г.) признал отделившиеся республики, и только 15 января независимость Хорватии и Словении признали остальные страны Европейского сообщества (тогда еще ЕЭС).
Когда на территории Словении и Краины неоусташи начали новый геноцид сербов, попытки Югославской народной армии защитить их были названы понтификом "агрессией", и он потребовал от Европейского союза организации отпора "интервенции", поддержав кампанию немецких и австрийских СМИ по демонизации сербов. При этом игнорировались те зверства, которые творили неоусташи против сербов, воспроизводя практику периода существования Независимого Государства Хорватии 1941-1945 гг. В дальнейшем, во время военных действий в Боснии и Герцеговине папа полностью поддержал антисербские акции западных стран, одобрив бомбардировку силами НАТО сербских позиций. Во время косовского конфликта Св. Престол поддержал албанских сепаратистов в Косово, а в 1998 г. одним из первых мировых лидеров потребовал проведения энергичных акций против Сербии. Особо вопиющим фактом стала беатификация Иоанном Павлом II загребского архиепископа Алоиза Степинца, с благословения которого осуществлялся геноцид православных сербов в годы Второй мировой войны.
Таким образом, Ватикан оказался активным соучастником перестроечных процессов в Восточной Европе, отстаивающим свои стратегические интересы с помощью новейших методов религиозной геополитики. Стремясь к объединению Европы, он открыто поддержал экспансию Европейского союза на восток, однако программа Иоанна Павла II включала в себя не только восстановление влияния Ватикана в католических странах бывшего соцлагеря, но и его утверждение в тех странах, которые были потеряны в результате "великой схизмы", поэтому Украине, Белоруссии и России папа уделял особое внимание.
Ватикан сыграл незаменимую роль в качестве посредника в налаживании связей Запада с советским руководством и в перестроечных процессах на Украине.
В 1988 г. Горбачеву в Москве через государственного секретаря Ватикана кардинала Агостино Казароли было передано послание от Иоанна Павла II, в результате чего 1 декабря 1989 г. состоялась встреча между Горбачевым и папой в Ватикане, в течение которой они 70 минут беседовали с глазу на глаз в личной библиотеке понтифика. По завершении беседы советская делегация отбыла на Мальту для встречи с Д. Бушем-старшим.
После этой встречи начинается активизация деятельности католиков в Советском Союзе. В первую очередь легализуется деятельность униатов, которым были предоставлены значительные льготы в ущерб Русской православной церкви. В Западной Украине начинаются регулируемые из одного центра демонстрации униатов против православных, погромы и захваты их храмов, сопровождаемые избиением и надругательством над священниками и мирянами. В итоге на Галичине были разгромлены три православные епархии - Тернопольская, Ивано-Франковская и Львовская. В последней из 1 тысячи существовавших там приходов осталось только 40. А в 1990 г. производится раскол в Украинской православной церкви Московского патриархата и образуются Украинская православная церковь Киевского патриархата и Украинская автокефальная православная церковь. Восстанавливаются католические приходы на западных землях Украины и Белоруссии по состоянию на 1 сентября 1939 г. Через частные приглашения начался мощный заброс миссионеров, местные власти выделяют значительные бюджетные средства на восстановление храмов. В итоге если в 1992 г. здесь было 92 католических прихода, то в 1996 г. - уже 651 и действовали 22 монастыря, 193 воскресные школы, две семинарии и Высший колледж св. Фомы при Киевском университете.