Укрепление международного влияния Ватикана сопровождалось расширением внешней открытости католицизма и активной интеграцией его в экуменическое движение, совершаемое с помощью "очищения исторической памяти", работавшей на "дело примирения" с другими религиями. Если II Ватиканский собор только наметил эту перестройку сознания, то Иоанн Павел II довел ее до логического конца. Имидж Ватикана-примирителя создавался в период перехода к заключительной стадии развала СССР, так что "теология морали" нового папы служила прекрасным обоснованием необходимости перехода к постконфронтационному диалогу между Востоком и Западом. В своем обобщающем докладе, который понтифик представил на заседании Европарламента 11 октября 1988 г., он заявил: "Времена наступили благоприятные: мир на Земле, сотрудничество между государствами, права человека, демократия - все это вошло в массовое сознание. На пороге - поиск души: люди должны обрести единство друг с другом, с самими собой, с природой".
Политика Иоанна Павла II отличалась нарочитой открытостью: в 1986 г. он обратился к представителям ведущих религий мира организовать 27 октября Всемирный День молитвы о мире, выбрав для этого уникального события город Ассизи. На это событие прибыло около 60 делегаций христианских и нехристианских конфессий. Чтобы это событие не оказалось единичным, папа призвал продолжить эту традицию, а инициативу проведения ежегодных встреч "в духе Ассизи" взяла на себя община Св. Эгидия.
В целях примирения понтифик предпринял невиданную кампанию по покаянию, заключавшуюся в признании ответственности и вины всего католического сообщества в различных сферах его деятельности в течение десяти последних веков, апогеем которой стал так называемый "экзамен совести", провозглашенный в 1994 г. Это закладывало новое понимание апологетики, призванное изменить образ папства в глазах мирового сообщества, обновив и полностью вписав его в современную культуру терпимости и свободы. Папа торопился завершить этот процесс к 2000 г., чтобы ввести церковь в новое тысячелетие "примирившейся", "обновленной" и "современной".
Это историческое "исповедание грехов" папа совершал в ходе своих многочисленных поездок (104 поездки в 130 стран, встречи с 426 главами государств), принося извинения и выступая в примиренческом духе. Самокритичные высказывания папой были сделаны в отношении Галилея, раскола церквей, инквизиции, крестовых походов, американских индейцев и негров, религиозных войн и интегристов, раскола с Востоком.
Политическая конъюнктура заставила папу пойти и на такой беспрецедентный шаг, как изменение позиции церкви в отношении масонства. В январе 1983 г. был принят новый кодекс канонического права, в котором уже отсутствовал действовавший 200 лет канон 2335, запрещавший католикам под страхом отлучения от церкви пребывание в масонских ложах. Он был заменен каноном 1374, в котором говорится, что "тот, кто дает свое имя ассоциации, которая работает против церкви, будет наказан справедливым наказанием; но тот, кто продвигает или руководит такой ассоциацией, будет наказан интердиктом", то есть масонство не упоминается в качестве конспирологической организации, но и не разъясняется, что такое "ассоциация, работающая против церкви". За устранение старого канона были многие руководители церкви, обосновывающие это тем, что латинское масонство уже эволюционировало в сторону более слабого антиклерикализма, а церковь - ко все большей открытости.
Однако такой откровенный шаг навстречу исконным противникам церкви, видимо, испугал само церковное руководство, так как 26 ноября того же года Конгрегации доктрины веры выпустила декларацию, в которой указывалось, что католикам запрещается членство в любых масонских организациях (запрет был подтвержден Ватиканом в марте 2007 г.). Возможно, что в изменении позиции сыграл свою роль и скандал, связанный с тем, что в октябре 1983 г. итальянский журнал "Oggi" напечатал в одном из своих номеров фотографию, на которой папа Иоанн Павел II присутствует на масонском банкете: он включен в "братскую цепь" со скрещенными руками, образуемую гостями-масонами вокруг банкетного стола. Этот номер чуть не подвергся конфискации.