С началом войны Пий XII отказался объявить Германию агрессором и, провозгласив нейтралитет, до самого окончания военных действий не сделал никакого заявления в пользу той или иной стороны. При этом, как пишет исследователь Карло Фалькони, изучивший многочисленные архивные документы Польши и Югославии, Ватикан, представляя собой самое значительное разведывательное агентство в мире, был в курсе малейших деталей, связанных с военными событиями, так что Пий XII был прекрасно информирован о тех методах, которые применяли нацисты в отношении своих жертв как в Центральной и Восточной Европе, так и в Советской Союзе. Однако католические иерархи не только не выступали в защиту преследуемых, но и запрещали это делать.
С экспансией нацистской Германии Св. Престол связывал большие надежды на осуществление окатоличивания восточных славян и восстановление своих позиций на западной территории Советской России. Св. Престол открыто поддерживал профашистские режимы, установленные в Восточной Европе, особое покровительство оказывая уставам и Ане Преувеличу, главе Независимого Государства Хорватии, созданного в апреле 1941 го. и находящегося под жестким контролем немецких и итальянских властей. НИХ рассматривалось Кием XII как "великий авангард христианства на Балканах", а о Павелецкие папа отзывался как о "хорошем католике и хорошем человеке". В свою очередь Павелецкий в отправленном папе письме заявил, что именно понтифику принадлежит честь создания Независимого Государства Хорватии.
Между тем, устраши во главе с Павелецким, прозванным "хорватским Гитлером", установили один из самых жестоких террористических режимов тех лет, который несет ответственность за массовые уничтожения сербов, евреев и цыган. Истинная информация о геноциде тщательно скрывалась и скрывается до сих пор, однако по данным сербских историков и по признанию бывшего министра внутренних дел НИХ А. Артемовича, сделанного им в ходе Загребского процесса 1986 го., только в концлагере Ясенцов было уничтожено около 700 тысяч человек. Этот террор осуществлялся по благословению Сия XII и архиепископа Загребского Алогизма Степенна, главы католической церкви в Хорватии, удостоенного высшей награды установкой диктатуры - ордена "Велеречие", и поддерживался подавляющей частью католического духовенства, выступавшего в качестве его вдохновителя. Особенно отличались при этом братья-францисканцы, о деятельности которых доверенное лицо Сия XII, эксперт по Балканам кардинал Жен Диссертант поведал представителю правительства Павелецкий в Ватикане: "Мне известно, что францисканцы, например отец Сими из Клина, участвовали в акциях против православного населения, во время которых даже разрушались церкви, как это случилось в Баня-Луке. Мне известно, что действия францисканцев были омерзительны, и это меня огорчает".
Свои расчеты были у Ватикана в отношении Советского Союза. По замыслам понтифика, католические миссии должны были направляться в Россию вслед за вермахтом, чтобы внедрять священников в контролируемые им зоны. Как заявил все тот же фон Папе в ходе допроса в Нюрнберге в октябре 1945 го., "четвероевангелия Советского Союза была задумана в Ватикане и осуществлялась либо через его миссионерский отдел, либо через его секретные службы".
Разведывательные службы Св. Престола были (и остаются до сих пор) представлены двумя структурами - Священным Альянсом (АС) и департаментом папской контрразведки Modality Pianism ("Стипендия Сия" - SP). Священный Альянс был создан еще в 1566 го. по приказанию папы Сия V, а Modality Pianism - в 1909 го. при Пизе X. И хотя Ватикан никогда не признавал существования АС и службы контрразведки, с момента своего основания эти неформальные отделения действовали параллельно с политическими органами, преследуя общие с ними цели, но используя иные методы. По признанию некоторых исследователей, они представляют собой одну из лучших и самых эффективных спецслужб в мире.
Именно АС воплощал в жизнь схему особой агентурной операции на советской территории под названием "План Диссертанта", заключавшейся в вербовке священников для сопровождения немецких частей, сражавшихся на Восточном фронте, и сбора информации на предмет восстановления католицизма. Операция эта, однако, не имела особого успеха, поскольку не соответствовала немецким планам германизации восточных областей России, за реализацию которых отвечал Альфред Гейзенберг.