Характерно, что в первые послевоенные годы несмотря на такой сочувствующий нейтралитет Св. Престола в отношении нацистов никто не поднимал вопроса о "публичном молчании" папы по поводу преследования евреев. Более того, многие еврейские союзы выразили тогда Римскому понтифику свою глубокую благодарность за тайную помощь Жертвам нацизма. Так, Наум Гольдман, президент Всемирного еврейского конгресса (ВЕК), выделившего в 1945 г. на благотворительные цели Ватикана 20 тысяч долларов, писал о Пие XII: "С особой признательностью мы вспоминаем все, что было сделано им для преследуемых евреев в один из самых трудных периодов их истории". В том же духе писала о нем и Голда Мейер, первый премьер-министр Израиля: "За десять лет нацистского террора, когда наш народ терпел ужасы мученичества, папа выражал осуждение угнетателям и выражал солидарность с их жертвами. Наша эпоха обогатилась этим голосом, утверждающим великие моральные истины". Ярким примером благодарности евреев стало обращение в католичество главного раввина Рима Исраэля Золлера, вызвавшее большой скандал в иудейской среде.
Полностью оправдывало поведение Св. Престола в годы войны и руководство США, представитель которого на Нюрнбергском процессе Кемпнер заявил: "Всякая попытка пропаганды со стороны Церкви против рейха и Гитлера была бы не просто спровоцированным самоубийством..., но усилила бы репрессии против иудеев и священников".
Данная позиция американцев была полностью объяснима. Ватикан встраивался в создающийся тогда на Западе новый, теперь уже "американский порядок". Католики составляли большинство населения Европы (тогда еще ее называли "Ватиканской Европой"), и главную ставку правящие круги Запада делали на христианско-демократические партии и движения. Так что в условиях развязываемой США "холодной войны" они не могли допустить какой-либо дискредитации лидера католического мира и были заинтересованы в укреплении его пошатнувшегося в глазах антифашистских сил авторитета, политического веса и влияния в международных делах. Св. Престол должен был стать важным символом идейной сплоченности Европы перед лицом коммунистического лагеря. В своем письме от 6 августа 1947 г., адресованном Пию XII, американский президент Г. Трумэн призвал последнего к тесному сотрудничеству со "всеми моральными силами, представляющими интересы свободного мира", подчеркнув, что прочный мир может основываться только на принципах христианства.
В свою очередь, папа в ответе президенту, воздав должное сплочению в мировом масштабе под главенством США сил, борющихся против "несправедливости и лжи", пообещал всю возможную помощь, заявив, что президент найдет "в Божьей церкви полного радости, искреннего, готового к сотрудничеству партнера". Призвав открыто к новому "крестовому походу" против коммунизма, папа четко сформулировал свою позицию в международных делах, заявив, что он против деления мира на фашистов и антифашистов, противопоставив этому делению свою формулу: "За или против Христа". В своем рождественском послании 1947 г. он объявил "дезертиром и предателем любого, кто окажет материальную поддержку, предоставит свои услуги и способности, помощь и голос партиям или властям, не признающим Бога".
В 1949 г., с завершением формирования двух мировых систем и с образованием НАТО, папа открыто выступил в поддержку военного блока, объявив в февральской речи "освободительную войну" против социалистических стран справедливым деянием. Пиком политики "холодной войны", проводимой Католической церковью, явилось принятие Конгрегацией Священной канцелярии в июле 1949 г. декрета, осуждающего коммунизм. Под угрозой отлучения от церкви запрещалось: вступать в коммунистическую партию и симпатизировать ей, распространять, читать или публиковать книги, газеты, журналы или листовки, излагающие теорию и практику коммунизма. Коммунистические руководители, даже если они не возражали против религии, и теоретически, и практически выступали врагами Бога и церкви Христовой. Пий XII активно поддерживал католические церкви в Восточной Европе, а в 1952 г. опубликовал апостолическое послание к народам России, в котором призывал их отречься от коммунизма и обратиться в католическую веру.