В 1823 году Франклин женился на поэтессе Элеанор Энн Порден, с которой познакомился ещё в 1818 году во время её визита на «Трент». Брак оказался недолгим – Элеанор умерла в 1825 году от туберкулёза. За пять дней до смерти жены Франклин отправился в третью экспедицию (1825–1827). Эта экспедиция Франклина выгодно отличалась от предыдущей: было обследовано около 2000 миль побережья против 550 [180]. Это было поистине выдающееся предприятие, и по возвращении Франклина удостоили рыцарского звания. Но в британских полярных исследованиях наступила пауза, и полярная карьера Франклина надолго прервалась. В 1828 году он женился на Джейн Гриффин, подруге покойной жены. С 1830 года Франклин вернулся в моря, в 1830–1833 годы командовал фрегатом «Рэйнбоу», выполняя миротворческую миссию в Средиземном море во время войны Греции за независимость. Потом он снова на несколько лет оказался не у дел.
В 1836 году Франклин занял должность губернатора Тасмании, которая в те годы была местом каторжных работ. Здесь находились около 17 тысяч каторжников и 25 тысяч свободных жителей, часть которых ещё недавно были заключёнными. Вряд ли новое назначение пришлось по душе Франклину, но он вынужден был принять его – жить на половинном содержании было непросто. На Тасмании он провёл семь лет. Судя по всему, Франклин был достаточно мягким и прогрессивным губернатором и пользовался уважением жителей острова. Уже позже, когда Франклин исчез в Арктике, островитяне собрали 1700 фунтов на его поиски. Памятник Франклину и сейчас стоит на площади Франклина в Хобарте, столице Тасмании. Однако отношения Франклина с местной элитой не сложились, и в результате интриг местных чиновников в 1843 году он был уволен, поэтому вернулся на родину в подавленном состоянии духа.