Джон Франклин родился 16 апреля 1786 года, став девятым ребёнком из двенадцати в семье Уилингэма Франклина. В возрасте 14 лет поступил на флот, а в 15 участвовал в своём первом морском сражении под Копенгагеном. В 1802 году юного Франклина взял к себе на экспедиционный корабль «Инвестигейтор» его дядя, капитан Мэтью Флиндерс
. Планировалось совершить плавание вокруг Австралии. Впрочем, такого топонима ещё не существовало, и впервые ввёл его в обиход именно Флиндерс. Но закончить миссию не удалось – в экипаже началась цинга, а в корпусе корабля открылась течь. 9 июня 1803 года Флиндерс привёл «Инвестигейтор» в Сидней, где его пришлось бросить. Команда отправилась домой – пассажирами на корабле «Порпос» (Porpois). Но в 700 милях к северу от Сиднея корабль наскочил на риф, и команде пришлось шесть недель жить на небольшой песчаной отмели, пока капитан плавал на лодке за подмогой.
В 1805 году Франклин участвовал в Трафальгарской битве, а в 1815 году был ранен под Новым Орлеаном. В том же году, с наступлением мира, он, подобно многим другим морским офицерам, был отправлен в отставку с половиной содержания. В неполные тридцать лет он оказался не у дел.
По натуре Франклин скорее был исследователем, нежели воином, возможно, поэтому он продвигался по службе медленнее многих сослуживцев. Похоже, он был довольно мягким человеком. Его заместитель в одной из полярных экспедиций, Джордж Бак, отмечал, что Франклин, в отличие от других путников, не убивал докучавших ему комаров, просто сдувал их с себя, говоря, что места в мире хватит на всех.