Сыновья Константина решили вернуть всех сосланных епископов. Старший, Константин II, освободил Афанасия, в особом послании известив александрийскую церковь, что он выполняет таким образом волю покойного отца. В 338 г. Афанасий вернулся в Александрию и был с восторгом принят паствой. Второй сын Константина, Констанций, получивший при разделе восточную часть империи — Фракию, Азию, Константинополь и Египет, был сторонником ариан. Александрийские ариане начали борьбу против Афанасия. Они повезли в Рим к папе Юлию протоколы Тирского собора, чтобы доказать, что пребывание Афанасия на патриаршем престоле незаконно, поскольку он был низложен. Афанасий со своей стороны послал в Рим соборное послание от имени египетских епископов. Ариане просили папу созвать собор. Тем временем враг Афанасия Евсевий Никомидийский (Евсевия Кеса- рийского уже не было в живых) со своими сторонниками из свиты Констанция рукоположил в сан александрийского патриарха каппадокийца Григория, который прибыл в Египет в 339 г. Назначение нового патриарха без избрания его епископами в Александрии вызвало возмущение христиан. В церквях там служили пресвитеры Афанасия, теперь же Григорий с отрядом полицейских стал отбирать церкви и арестовывать сторонников Афанасия. Начались народные волнения. Тогда Афанасий, находившийся в то время в одной из церквей, чтобы избежать смуты, удалился из Александрии и отправился к папе в Рим, куда прибыло также множество низложенных и изгнанных восточных епископов. На соборе в 340 г. папа Юлий объявил Афанасия свободным от обвинений.
В этом же году в борьбе между западными императорами, Константином II и Константом, первый был убит, и Констант стал во главе всей За- падной империи. Как и папа Юлий, Констант был против ариан, которым покровительствовал Констанций. К Константу в Трир из Антиохии арианами было послано посольство с новым вариантом Символа веры, в котором говорилось о рождении Сына от Отца «прежде всех веков» и осуждался прежний арианский догмат, что «было время, когда Его не было». Главное же — отрицание арианами единосущности Сына Отцу — было обойдено молчанием. Констант договорился с Констандием о созыве собора, который и состоялся в 343 г. в Сардах (совр. София). Афанасий участвовал в нем, но восточные епископы, которые считали его низложенным, покинули собор и разослали послания своим приверженцам, в том числе Григорию в Александрию. Собор продолжался без них, западные епископы рассмотрели на нем множество жалоб пострадавших от ариан. Был вынесен ряд постановлений о низложении и отлучении, в том числе и Григория, и подтвержден никей- ский Символ веры. В 345 г. Григорий скончался, и Констант обратился к Констанцию с предложением возвратить престол Афанасию, на что Констанций дал согласие. Афанасий отправился из Аквилеи, где он тогда находился, в Рим проститься с папой Юлием, и тот вручил ему послание к духовенству и мирянам Александрии. По дороге в Египет Афанасий заехал в Антиохию и просил Констанция об очной ставке с обвинителями, но император ему отказал.
По пути Афанасий встречал много сочувствующих. Иерусалимский епископ созвал 16 епископов для его чествования, и они тоже вручили ему послание к египетским епископам и мирянам. Афанасий вступал в Египет в торжественной обстановке. По приказу Констанция чиновникам было велено уничтожить в документах все, что там было против Афанасия и его сторонников. Чиновники выезжали навстречу Афанасию за сто миль. Когда он вступил в Александрию, народ ликовал.