Преемник Юлиана, Флавий Иовиан, был христианином. Он вызвал Афанасия к себе в Антиохию и встретил его с большим почетом. Затем Афанасий вернулся в Александрию, а Флавий в феврале 364 г. умер по пути в Константинополь, и императором стал офицер его охраны Валентиниан. Он сделал соправителем своего брата Валента, поручив ему управление Востоком. Подобно Константу и Констанцию, Валентиниан стал на сторону никейцев, а Валент — на сторону ариан. Валент издал эдикт, направленный против епископов, изгнанных при Констанции и занявших теперь свои кафедры. Афанасию вновь пришлось покинуть Александрию. В течение четырех месяцев он скрывался в гробнице своего отца. Но популярность его в народе настолько возросла, что император был вынужден уступить настойчивому требованию населения Александрии и восстановить Афанасия в должности. Закончилось его последнее изгнание, и до самой смерти 2 мая 373 г. он оставался на своем престоле.
После смерти Афанасия клир избрал архиепископом его брата Петра. Василий Великий (329—378), архиепископ Кесарии Каппадокийской, один из крупнейший деятелей восточной церкви, и римский папа Дамас тотчас признали Петра. Однако Валент желал, чтобы кафедру занял глава александрийских ариан Лукий. По приказу последнего полиция во главе с префектом в сопровождении толпы ариан ворвалась в церковь Феоны, и вновь в ней, как и 17 лет назад, разыгрались сцены насилия и убийства. Девственниц насиловали, влачили обнаженными по улицам города, убивали. Лукий занял кафедру. Начались преследования недовольных среди священнослужителей и мирян. Их арестовывали, ссылали в рудники. В рудник в Фэно был сосла ндаже посланник папы, прибывший в Александрию, чтобы поздравить Петра по случаю избрания. Все восточные кафедры при Валенте были отданы арианам. Его эмиссар в Египте Магн низложил одиннадцать епископов и выслал их в Палестину. Некоторые из них отправились в Антиохию к императору с жалобой, но тот велел сослать их в Неокесарию — область на севере Малой Азии. Петр бежал в Рим к папе Дамасу.
По декрету Валента монахи были признаны военнообязанными. В монастыри Нитрийской пустыни была послана военная экспедиция с целью захвата монахов. Проводниками солдат стали арианские священники. В результате было схвачено пять тысяч монахов.
Между тем, во Фракии вспыхнуло восстание вестготов, которые поселились там около 376 г., оттесненные гуннами. Предоставив вестготам убежище во Фракии, Валент обещал снабжать их пропитанием, но римская администрация не заботилась об этом, и терзаемые голодом поселенцы восстали. Военные действия приняли настолько серьезный оборот, что Валенту самому пришлось отправиться на войну. То ли предчувствуя опасность, то ли из суеверия он отдал приказ о возвращении из ссылки всех священнослужителей. 9 августа 378 г. в битве с готами римская армия потерпела жестокое поражение, а Валент таинственным образом исчез. Ходили слухи, что его перенесли в хижину, чтобы перевязать раны, а хижина сгорела. Во всяком случае, тело его найдено не было. Император Западной империи Грациан, горячий сторонник православия, подтвердил указ Валента о возвращении священников. Петр поспешил вернуться в Александрию. Едва он там появился, как вспыхнуло народное восстание против ариан, и Лукий был изгнан.
Грациан провозгласил одного из своих военачальников, Феодосия, августом и поручил ему управление Восточной империей; это был будущий Феодосий Великий (379—395). В начале 380 г. он принял крещение от епископа Ахолия, приверженца никейского Символа веры. 27 февраля Феодосий издал эдикт, который предписывал всем исповедовать религию, «которую апостол Петр некогда преподал римлянам, и которой в настоящее время держатся папа Дамас и Петр, епископ александрийский, муж апостольской святости». Все прочие объявлялись еретиками.
После кончины Петра в 380 г. александрийским патриархом был избран Тимофей. В том же году на соборе в Константинополе было осуждено учение константинопольского патриарха Македония, полуарианина, отрицавшего божественность Святого Духа. Тимофей, по отзыву Созомена, был душой этого собора. Преемником Тимофея в 385 г. стал Феофил. При нем произошла знаменитая осада Серапеума, которую, в частности, описал Георг Эберс в своем романе «Сестры».