При прыжке из ложи Бут повредил ногу, но в возникшей суматохе ему удалось вскочить на лошадь и скрыться (по другой версии, ногу Бут повредил уже во время путешествия, когда его лошадь споткнулась). Арестовав нескольких агентов южан, власти выяснили, где скрывается Бут. 26 апреля он был обнаружен в амбаре на ферме в северной части штата Вирджиния. Амбар был окружен войсками и подожжен. Бут вышел из него с револьвером в руке и был смертельно ранен в шею сержантом Бостоном Корбеттом, который нарушил приказ взять Бута живым. Сержант утверждал, что Бут собирался выстрелить в него, но это опровергалось другими свидетелями. Позднее его хотели судить за то, что он убил Бута без причины, хотя тот ему не угрожал. Корбетт был арестован, но затем освобожден своим министром обороны Эдвином М. Стэнтоном, заявившим: «Мятежник мертв, патриот живет». Корбетт получил причитающуюся ему долю награды за поимку Бута в 1653 доллара и 84 цента. Позднее он говорил, что его руку в момент убийства Бута направляло провидение. Несомненно, Корбетт мстил Буту за убийство Линкольна, хотя того и так ожидала виселица. Позднее Корбетт неоднократно беспричинно пускал в ход оружие и даже помещался за это в психиатрическую лечебницу.
Умирая, Бут сказал: «Передайте моей матери, что я умер, сражаясь за свою страну». В дневнике Бута, который попал в руки следствия, Бут писал после убийства Линкольна: «Наша страна испытывает все свои тревоги из-за него, и Бог просто сделал меня своим инструментом для его наказания». Труп Бута был опознан, в частности, по татуировке J.W.B. на кисти левой руки.
Были арестованы и осуждены восемь сообщников Бута, из которых четверых повесили, однако ни один из восьмерых не принимал участия в подготовке покушения на Линкольна.
Как утверждает американский журналист Уильям Манчестер, автор книги об убийстве президента Кеннеди, «Джон Уилкс Бут не был агентом конфедератов. Вопреки тому, что считали прежде, он действовал сам по себе. Но президент США Линкольн, его жертва, был убит в критический момент нашей истории, в городе, кишевшем людьми, симпатизировавшими южанам, и ожесточенными призывами к мятежу. Пытаться установить точную взаимосвязь между действием, историческим периодом, когда оно происходило, и его местом – безнадежная затея. Но будет абсурдом утверждать, что этой связи не существует и что преступление в театре Форда могло быть совершено в спокойном обществе, не подвергающемся потрясениям.
Авраам Линкольн
Подобно Буту, Освальд был убит наблюдавшим за ним со стороны человеком, что сделало дальнейшее расследование невозможным. Тем не менее арена действия, которую он избрал, его пережила».
Насчет Бута как убийцы-одиночки тут, в сущности, все верно. Хотя Бут оказывал содействие войскам Конфедерации и, возможно, имел связи с другими агентами южан и даже вынашивал во время войны план похищения Линкольна, чтобы обменять его на пленных конфедератов, но убийство Линкольна он подготовил и осуществил в одиночку как месть за поражение Юга в гражданской войне. А вот утверждение насчет связи того, что Освальд убил Кеннеди именно в Далласе, городе, где было чрезвычайно много противников Кеннеди, звучит явной натяжкой. В Далласе очевидно преобладали противники Кеннеди справа, а не слева, тогда как Освальд был противником слева. С тем же самых успехом он мог убить Кеннеди не только в Далласе, но и в любом другом городе Соединенных Штатов. Конечно, Техас занимал тогда первое место в США до числу убийств, а Даллас стоял на первом месте по этому мрачному показателю в Техасе. Но Освальд ведь был уроженцем не Далласа и вообще не Техаса, а Нового Орлеана в Луизиане, и в Даллесе прожил лишь около полутора лет из своих двадцати четырех.
2 июля 1881 года на вокзале Вашингтона страдающий нервным расстройством ультраправый политик-неудачник Чарльз Гуатье (Гито), безуспешно добивавшийся поста посла во Франции, в упор расстрелял в спину президента Джеймса Гарфилда. 19 сентября 1881 года президент скончался от общего заражения крови, так как пулю не смогли извлечь.