Родился 28 октября 1909 в Дублине, Ирландия, в семье ветерана англо-бурской войны Энтони Эдварда (Эдди) Мортимера Бэкона. Отец Э. Бэкона являлся прямым потомком сэра Николаса Бэкона, старшего сводного брата сэра Фрэнсиса Бэкона (1561—1626), философа и государственного деятеля елизаветинских времен. Пра-пра-бабушка Э. Бэкона Шарлотта Мери Харлей была близко знакома с Д. Байроном, который называл ее Ianthe и посвятил свою знаменитую поэму «Паломничество Чайльд-Гарольда». Выйдя в отставку, гусарский капитан Э. Бэкон занимался объездкой и тренеровкой скаковых лошадей. Отличался резким и импульсивным характером. Мать Б. – Кристина Винифред (Винни) Ферф, наследница сталилитейного и угольного магната из Шеффильда. Полная противоположность прямолинейному и не слишком образованному мужу.
Б. – второй ребенок в семье, помимо еще двух братьев и двух сестер. С детства страдал астмой и аллергией на шерсть домашних животных. Рано приобщился к морфию, который принимал как болеутоляющее средство по рекомендации врачей. Превозмочь физические страдания помогала любимая няня Джесси Лайтфут, которая преданно служила ему долгие годы. Из-за слабого здоровья занимался с домашними учителями, в дальнейшем ок. полутора лет посещал школу-интернат в Челтенхеме. Вместе с родителями часто менял местожительство: в 1911 семья проживала в поместье Кенникурт близ Килкулена, графство Килдейр, затем переселилась в Лондон.
Еще в юности Б. обнаружил склонность к трансвестизму, что приводило в ярость его отца. На одной из костюмированных вечеринок в 1924 Б. появился в образе молодой девушки: напомаженый, в расшитом бисером платье, туфлях на высоком каблуке и с сигаретой на длинном мундштуке. Летом 1926 Б. был с позором изгнан из родительского дома, после того, как отец застиг его перед зеркалом, переодетым в материнское нижнее белье. Ок. полугода Б. вел нищенское существование на пособие в три фунта в неделю. Из-за недостатка средств, иногда занимался мелкими кражами и мошенничествам. Пытался устроиться на работу домашней прислугой и поваром. Служил продавцом в магазине женской одежды, но был быстро уволен за написание оскорбительных анонимных писем.
Охотно принимал материальную помощь богатых мужчин-гомосексуалистов. Весной 1927 бывший сослуживец отца Харкурт-Смит (Harcourt-Smith) предложил Б. отправиться в Берлин. Два месяца пара прожила в роскошном берлинском отеле «Адлон». По собственному признанию, «Вскоре он устал от меня и, конечно, отправился к женщине… У меня же оставалось немного денег и я решил поехать в Париж».
Б. провел во Франции полтора года. Пользовался покровительством Ивонн Боскентен (Yvonne Bocquentin) – пианистки и знатока искусств, которая привила ему интерес к классической живописи. Осенью 1927 Б. поселился в отеле «Деламбр» на Монпарнасе. Часто посещал художественные выставки. Сильное впечатление на Б. произвели картины П. Пикассо, которые он впервые увидел в парижской галерее Поля Розенберга. Воодушевленый высоким примером, Б. предпринял первые робкие попытки заняться живописью.
Зимой 1928—1929 Б. вернулся в Лондон. В одном из гаражей в районе Южного Кенсингтона устроил мастерскую мебельного дизайна и декоративного интерьера. Через отдел объявлений газеты «Таймс» Б. предложил свои услуги в качестве «компаньона для джентельменов». На объявление откликнулся Дуглас Купер, владелец одной из лучших коллекций современного искусства в Англии. По его протекции, Б. получил работу оператора-телефониста в гомосексуальном «Бат клубе» на Довер стрит в Лондоне. В 1928 Б. познакомился с Эриком Халлом (Eric Hall), который стал его патроном и любовником. Продолжительные, зачастую драматические отношения связывали их вплоть до 1950.
Первая выставка акварелей и дизайнерских рисунков Б. прошла в конце 1929 в Куинсберри Мьюз и не вызвала интереса публики. В 1930 он снова приехал в Германию. Новым другом и наставником Б. стал австралийский художник Рой де Мейстр (Roy de Maistre, 1894—1968). По его словам, в тот период Б. «…понятия не имел о живописи и задавал вопросы, на которые мог бы ответить любой школьник». Р. де Мейстр обучил Б. основам профессии, познакомил со своими друзьями – признанными художниками Г. Сатерлендом, Г. Муром, П. Уайтом и др. 2—22 ноября 1934 состоялась вторая выставка работ Б., которая также не принесла ему известности. Талант Б. был замечен только в 1944. Триптих «Три этюда фигур у подножия Распятия» («Three Studies for Figures at the Base of a Crucifixion»), выставленный в галереях Лефевр и Тэйт, мгновенно сделал его знаменитым. В настоящее время эта картина находится в коллекции Национального музея современного искусства в Париже.