После выхода депутатов и части защитников Парламента Дом Советов подвергся варварской «зачистке», во время которой двери кабинетов взрывались гранатами, а их содержимое выжигалось огнеметами. Все оставшиеся в здании защитники Конституции (а таких, по некоторым свидетельствам, было вдвое больше вышедших) были безжалостно уничтожены, а их тела без идентификации сожжены или тайно захоронены.
Имели место массовые бессудные расстрелы захваченных защитников Парламента. В ночь с 4 на 5 октября
ОМОН и сводная рота ОМСДОН и РУОП ГУВД Москвы, под командованием генерала А. Романова, расстреливали раненых и задержанных защитников Конституции на стадионе «Красная Пресня».Задержанные защитники Дома Советов, в том числе народные депутаты, незаконно помещались в специально созданные фильтрационные пункты (Малая спортивная арена стадиона «Лужники»), а также в камеры предварительного заключения, где подвергались допросам, сопровождавшимся пытками, и жестокому и бесчеловечному обращению.
Мародерами из МО и МВД разграблена собственность, принадлежавшая Парламенту и гражданам.