К этому времени почти все, что бы ни предпринимал Наполеон, вызывало недовольство населения. Он пытался сровнять с землей могилы на кладбище в Эзбекие, чтобы окружить дворец красивыми и ровными лужайками, но народ был так враждебен, что ему пришлось отказаться от этой затеи. Он обложил налогом все дома города, и снова население громко и открыто воспротивилось этому плану. Шаг за шагом росло сопротивление, и в конце концов жителей Каира даже само присутствие французов привело в такую ярость, что они устроили демонстрацию около аль-Азхара. Наполеон послал генерала Дюпуи разогнать демонстрантов. Но горожане устроили французам засаду, убили генерала и многих его солдат. Затем заняли все оставшиеся уличные ворота Каира и воздвигли повсюду баррикады. Так началось первое восстание против французов.
Французы в ответ на этот бунт установили в цитадели пушку, обстреляли аль-Азхар, сильно разрушили мечеть и окружающие ее дома. «Такого ужаса еще никогда не видали жители города», — писал аль-Габарти. Выстрелы большой пушки заставили повстанцев кое-где отступить, но защитники квартала аль-Хусейниа сражались до тех пор, пока у них не кончились боеприпасы. Ночью французские солдаты разобрали баррикады, а затем кавалерия врезалась в аль-Азхар.
С этого момента египтяне ни на один день не оставляли французов в покое, и совершенно ясно, что они боролись своими собственными силами, без всякой помощи извне и без поддержки мамлюков и солдат. Наполеон был буквально потрясен — он угрожал репрессиями и требовал, чтобы шейхи выдали зачинщиков. Сначала шейхи ответили отказом, но в конце концов предали нескольких «руководителей» восстания. Одним из названных оказался лидер Корпорации слепых, и его вместе с четырьмя другими египтянами немедленно арестовали и расстреляли. Французы снесли часть Гизы, старого Каира (Вавилона) и Шубры, опоясали Каир укреплениями и множеством мелких фортов, которые все еще существуют у подошвы горы Мукаттам. В самом городе они уничтожили много небольших дворцов, домов и мечетей, которые, по мнению французов, повстанцы использовали как крепость.
Чтобы как-то отвлечь население от борьбы и заодно продемонстрировать мощь Франции, в Эзбекие был запущен воздушный шар. Но гондола оторвалась и с грохотом свалилась на землю, что заставило французов «сгореть от стыда» (аль-Габарти). Наполеон начал надстраивать цитадель, а разрушенную мечеть Хакима превратил в военное укрепление. Он намеревался проложить новые широкие бульвары от цитадели к другим районам города, в частности, выпрямить улицу, которая вела к его штаб-квартире в Эзбекие. Но даже француз Поль Равесс писал, что, к счастью, Наполеон не осуществил своего замысла, хотя 30–40 лет спустя хедив Исмаил все же осуществил его, улицу эту назвал шари Мухаммед Али. Но Наполеон провел широкую дорогу от Баб аль-Лука до Баб аль-Адауи, врезаясь в дома и древние улицы, что находились на пути. Строили дорогу французские рабочие и наемные (!) египтяне, причем вместо примитивных корзин и тачек применялись «простые, но совершенные орудия труда» (аль-Габарти). Несмотря на протесты населения, Наполеон снес дома и вырубил деревья вокруг дворца Эзбекие, а мечеть Бейбарса превратил в крепость, установив на крыше большую пушку.
Казалось, Наполеону удалось укрепиться в Каире, но цели его были репрессивными, карательными и военными.
Несмотря на всю жестокость французской оккупации, она, несомненно, оказала и благотворное влияние на жизнь Каира: у Наполеона в Каире были фактически два штаба — военный и культурный, и вначале он уделял много внимания обоим. Но по мере ухудшения военной обстановки за пределами Египта он все больше терял интерес к культурному развитию города. Хотя еще во Франции он с такой тщательностью готовил экспедицию в Египет, будто намеревался остаться там навеки.
Сразу же по прибытии в Египет надлежало создать прочную основу для распространения французского влияния на культуру этой страны. Вряд ли можно предполагать, что он, не жалея ни средств, ни усилий, привез в Египет сотню ученых только для того, чтобы удовлетворить любопытство французской науки к Египту. Но после разгрома англичанами его флота при Абукире Наполеон понял, что ему не удержаться долго в Египте. Читая высказывания Наполеона о Египте, чувствуешь, что его мысли были уже далеко. Он еще занимался делами Каира и помогал своим ученым, которые собирались распространять науку и знания среди египтян, но, по-видимому, больше думал о военных походах в Сирию и Турцию или о будущих битвах, которые смогли бы вывести его из стратегического тупика.