Последним султаном-мамлюком был Кансух аль-Гури, который начинал путь к трону прислужником у Кайтбея. Строительство его мечети и медресе на Касабе завершилось в 1504 году; это последние архитектурные сооружения эпохи мамлюков в Каире. Мечеть очень просторна и выглядит так, словно парит в воздухе, в ней множество витражей, свет сквозь которые падает в центральный зал под куполом. Но еще когда это здание еще только строилось, эпоха мамлюков уже близилась к окончанию.
В 1498 году португальский мореплаватель Васку да Гама открыл морской путь в Индию вокруг Африки, и приток пряностей в Каир резко сократился. Столицей пряностей стал Лиссабон, через который отныне шла вся торговля с Индией. Иными словами, мамлюки в одночасье лишились важнейшей финансовой опоры. А между тем над Египтом нависла и военная угроза. Оттоманская империя расширяла свои пределы в Европе и Азии и к началу XVI столетия протянулась от Боснии до Кавказа. Оттоманы (или османы) были богаты и могущественны и хотели покорить весь мир. В дневнике зажиточного египтянина Ибн Айаса мы находим запись о прибытии на закате правления мамлюков, в 1514 году, в Каир оттоманского посланника:
Оттоман явился ко двору… Он привез богатые дары — двадцать пять тюков рысьего, соболиного и горностаевого меха, бархат из Бурсы, разноцветные шелка из Самарканда, серебряные сосуды, не говоря уже о двадцати пяти юных мамлюках поразительной красоты.
Оттоманский правитель Селим Угрюмый готовился к столкновению с Персией и хотел знать, может ли он рассчитывать на мамлюков как на союзников. Под прикрытием переговоров войско оттоманов вошло в Сирию, а в сражении при Алеппо Селим разгромил аль-Гури благодаря измене мамлюкского правителя города. Голову последнего мамлюка отправили в Стамбул в качестве трофея.
Из Алеппо оттоманы побережьем двинулись к Египту. Каир полнился слухами о зверствах оттоманов и о диковинных привычках, в частности, о том, что они курят гашиш и пьют вино (по сравнению с этим все пороки мамлюков выглядели детскими шалостями). Приемный сын аль-Гури, бывший раб по имени Туманбей, три месяца правил страной, отчаянно пытаясь найти средства на пополнение армии.
Противники сошлись у Маттарии, недалеко от Каира. Туманбей сражался отважно и сумел прорубиться к шатру Селима, но победа все же осталась за оттоманами, которые захватили город. Как и при Алеппо, победу им принесли передовые технологии: конница мамлюков не могла что-либо противопоставить оттоманской артиллерии. Туманбей бежал, попытался собрать бедуинов и дал бой Селиму поблизости от пирамид Гизы. Битва продолжалась два дня; бедуинский шейх, жизнь которого когда-то спас Туманбей, предал своего вождя и выдал его Селиму. Закованного в цепи Туманбея провезли по улицам Каира и повесили на воротах Баб аль-Зувейла, традиционном месте публичных казней еще со времен Фатимидов. Веревка дважды рвалась, Туманбей умер лишь на третий раз под гомон толпы, выкрикивавшей слова первой суры Корана. С его гибелью эпоха мамлюков завершилась (образом, подобавшим ее характеру) — и на четыреста последующих лет Каир стал одним из городов Оттоманской порты.
Оттоманский Каир
После казни Туманбея Селим Угрюмый торжественно въехал в Каир. Выглядел он, судя по описаниям современников, непрезентабельно — скромный тюрбан, неброский кафтан, однако быстро выказал свой суровый нрав, приказав казнить 800 мамлюков и выставить их головы на шестах на всеобщее обозрение. Впрочем, скоро Селим решил, что в Египте слишком жарко, и отбыл обратно в Стамбул, прихватив с собою наиболее искусных каирских мастеров, чтобы те помогли украсить оттоманскую столицу.
Сулейман Великолепный, преемник Селима, предпочел не разрушать мамлюкскую систему управления. Он назначил наместником оттоманского пашу, который управлял Египтом из Цитадели, под охраной 5000 янычар, воинов, которых турки набрали в христианских странах Балканского полуострова (это был своего рода оброк). В крепости также разместили особые подразделения турецкого войска (азабов), которым запретили даже заговаривать с египтянами. Наместнику подчинялись двенадцать мамлюкских эмиров, управлявших провинциями; за ними бдительно надзирали охранники паши. Эти эмиры получили новый титул — бей; они в основном исполняли роль сборщиков налогов, однако им позволили содержать и обучать черкесскую гвардию.