Государственный совет Польши на это убийство могли подтолкнуть следующие соображения. Сформированное в конце 1611 года народное ополчение, которым руководили Пожарский и Минин, уже к лету 1612 года очистило большую часть Московского государства от поляков и мятежных казаков, восстанавливая относительный порядок и государственное устройство. Ополчение уже подошло к Москве, и был близок день окончательной победы, после которой неизбежно бы встал вопрос о восстановлении царской власти.
На Земском Соборе, созванном еще в Ярославле в самом начале формирования ополчения, нашлось немало сторонников возвращения на царствование царя Василия Ивановича. Для Польши, если бы она отказалась вернуть Шуйских, это грозило бы новой изнурительной войной. Но даже возвращение пленного царя не становилось гарантией мира: вряд ли бы простил Василий Иванович полякам свой плен и унижения. Неудача короля под Москвой показала, как опасно было вступать в новую войну с Россией.
Поэтому и было принято решение умертвить и Василия Ивановича, и его брата Дмитрия, как следующего реального кандидата на российский трон. Младший брат Иван, видимо, не представлял собой значительной политической фигуры и был оставлен в живых. Впоследствии он был освобожден из заточения и определен в свиту королевича Владислава, которому и служил до 1619 года.
В 1617 и 1618 годах королевич Владислав предпринял очередной большой поход на Москву. Осенью 1618 года он подступил к столице, но встретил мужественное сопротивление. К тому же, поляки нуждались в провианте, что и заставило их после неудачного приступа отойти к Троице-Сергиеву монастырю. Там в деревеньке Деулино и было заключено перемирие на 14 с половиной лет.
По условиям договора произошел и обмен пленными. Не известно, участвовал ли Иван Иванович Шуйский в этом походе, но после него вместе с Филаретом Романовичем, отцом царя Михаила Федоровича, он был отпущен в Россию.
В Москве Иван Иванович, имевший прозвище Пуговка, руководил Судным приказом (как и его брат Василий при Борисе Годунове). Умер он в 1638 году, не оставив, как официально утверждается, после себя потомства.
Как это ни странно, но и остальные братья Шуйские также не оставили после себя детей. Пресеклись и остальные две линии этого рода.
Царица Мария Петровна, в инокинях Елена, супруга царя Василия Ивановича, приняла иноческий постриг в Московском Вознесенском девичьем монастыре и пребывала в Московском Ивановском монастыре, затем была переведена в Суздальский Покровский девичий монастырь, где и скончалась в июне 1626 года. Тело ее было перенесено в Москву и погребено в Вознесенском девичьем монастыре.
Умерла бывшая царица, не прожив и сорока лет (предположительно, ей было не более 35–36). Нельзя исключать и того, что Тимошка мог быть ее внебрачным ребенком, зачатым в иноческом звании. В этом случае вполне понятно его стремление вовсе не упоминать о своей матери и приписывать себе родство только с царем Василием Шуйским.
Тимошка мог быть и внуком Василия Шуйского, если согласиться с теми историками, которые считают, что первым браком Василий был женат на княжне Елене Михайловне Репниной-Оболенской. От этого брака он также имел двух дочерей, судьба которых не известна. Родились они, предположительно, в 80-е годы XVI века, и к 1618 году (рождение Тимошки) им было не более 30–35 лет. Одна из этих дочерей, выйдя замуж за князя Матвея Федоровича Великопермского, и могла стать матерью нашего героя. Впоследствии, из-за страха появления нового претендента на престол, царь Михаил Федорович начал преследование этих потомков царя Василия Шуйского и князя Великопермского.
Но вернемся к Василию Шуйскому.
После настойчивых просьб царя Михаила прах царя Василия был в 1635 году возвращен из Польши и торжественно погребен в Архангельском соборе Кремля, усыпальнице московских великих князей.
В этом шаге можно видеть не только заботу о государственной чести, но и желание помириться с многочисленными сановитыми родственниками угасшего княжеского рода. Тогда же прежнее отрицательное отношение к царю Василию Ивановичу и его государственной деятельности неожиданно пересматривается и появляются новые историко-литературные произведения — «Рукопись Филарета» и «Новый летописец», в которых давалась хвалебная и вполне заслуженная оценка деяний этого несчастного монарха.
В 1637 году московское посольство, прибывшее в Варшаву на свадьбу короля Владислава, заказывает «мастеру лицо царя Василия Ивановича». Портрет этот был выполнен неизвестным художником и увезен послами в Москву. Возможно, основой для написания этого портрета послужили портреты и зарисовки итальянского живописца Долабелло, который находился в Польше во время появления там Шуйских. Именно Долабелло запечатлел на большой картине представление братьев Шуйских польскому сейму. Как утверждали, картина эта написана с натуры. Но портреты русских пленников, если и рисовал их итальянский живописец, до нас не дошли.