Петр не любил царевича Алексея, намеренно не заботился о его воспитании, чтобы не иметь рядом с собой умного и образованного соперника (точно так же он относился и к сыну Алексея, Петру). Но все же, когда царевич вырос, многие русские люди стали относиться к нему с любовью и возлагали на него определенные надежды, поскольку это был мягкий, неглупый юноша, приверженный традиционной культуре и традиционному укладу жизни народа. И тогда Петр стал просто преследовать его, всячески подчеркивая его непригодность к делам и тем более к управлению государством и постоянно унижая и даже нанося ему побои в присутствии своих сподвижников (Петр сам признавался в этом). Многие историки восприняли слишком серьезно мелочные придирки Петра к сыну и в своих трудах вынесли вердикт о полной никчемности царевича. Но это не соответствует истине. У него, как и у любого человека, были свои пристрастия, свои сильные и слабые стороны. Его мягкость не способствовала тому, чтобы он был хорошим военным или твердым администратором, но он обладал ясным умом, живостью воображения и умел логически мыслить. Мне, как исследователю, доставило большое удовольствие читать письма Алексея: он умел необычайно кратко, грамотно и последовательно излагать свои мысли. Знал он немецкий и французский языки и даже писал на них. Возможно, что Алексей мог бы проявить свои способности в качестве дипломата и, без сомнения, прекрасно бы справился с подобными обязанностями, но Петр упрямо требовал от него другого. Он посылал Алексея следить за постройкой судов, за набором рекрутов или заниматься заготовкой провианта, т. е. давал ему поручения рутинные и малопривлекательные, в которых тот едва ли имел какие-либо навыки. Эти поручения не всегда исполнялись царевичем блестяще, но главное — они исполнялись, и, пожалуй, не хуже чем прочими администраторами Петра. Но Петру не нужны были явные успехи своего наследника, и он выискивал мелочные упущения и на основании их признавал всю работу негодной. Это было сознательное стремление выставить Алексея как человека вялого, апатичного, лишенного деловых способностей. В то же время Петр сознательно отстранял царевича от участия в боевых действиях и не допускал его к войскам, где тот мог быстро найти себе сторонников.
После того, как у Петра родился сын, названный также Петром, он особенно стал нетерпим к Алексею и вынудил его написать отречение от престола. Потом Петру и этого показалось мало, и он заставил Алексея дать клятву принять монашество. Подобные преследования заставили Алексея бежать в Австрию и искать защиту у императора.
Уже находясь в Австрии, Алексей рассказывал вице-канцлеру Шенборну, что отец и Екатерина приставили к нему Меншикова с целью его опоить. И хотя подобные подозрения, высказанные царевичем, воспринимаются несколько наивными, если не смешными, в них есть изрядная доля правдоподобия: случаев смерти от неумеренного пьянства в окружении Петра было слишком много. В 1710 году в Санкт-Петербурге его племянница Анна Иоанновна сочеталась браком с племянником прусского короля Фридрихом Вильгельмом, герцогом Курляндским, который умер спустя несколько дней после свадьбы от слишком обильных и непривычных для него винных возлияний. Возможно, Петр поручил Меншикову таким же способом избавиться и от ненавистного ему Алексея.
Чтобы выманить Алексея в Россию, Петр дал клятвенное обещание полностью простить его и не лишать своей милости. Он писал: «Обнадеживаю тебя и обещаю Богом и судом Его, что никакого наказания тебе не будет, но лучшую любовь покажу тебе, если ты воли моей послушаешься и возвратишься».
Но сразу же по возвращению Алексей был подвергнут строгим расспросам и пыткам. Как бы снимая с себя ответственность за судьбу сына, Петр назначил ему в судьи духовенство и сто двадцать своих ближайших сподвижников. Духовенство малодушно уклонилось от защиты царевича и предоставило Петру полную волю судить его или простить, подкрепив свое решение цитатами из Ветхого и Нового завета. Гражданские же и военные лица, назначенные в судьи, начиная с Меншикова, все как один дисциплинированно приняли угодное Петру решение.
Официально было объявлено, что Алексей умер от апоплексического удара сразу же после прочтения приговора. Но, скорее всего, это была ложь, и царевич все же принял смерть от рук палача. Современники оставили несколько версий относительно того, как он был казнен. По одним известиям, его задушили подушками, по другим — ему собственноручно отрубил голову сам Петр. Предположение мрачное, но не лишенное правдоподобия, учитывая растущую с годами неприязнь Петра к Алексею и его желание отдать престол своим детям от Екатерины.
Иностранные резиденты, ссылаясь на достоверные источники, доносили в Европу, что Петр рано утром в день оглашения приговора в сопровождении нескольких близких людей отправился в Петропавловскую крепость, где находился Алексей, и в течение двенадцати часов подвергал его жестоким пыткам и истязаниям. Царевич умер под кнутом.