Подтверждение этому находится и в записной книге гарнизонной канцелярии. Там отмечено, что Алексея в течение трех дней пытали в присутствии царя, причем пытки повторялись дважды в день и продолжались по многу часов.
Есть основания подозревать, что пытки царевича начались несколько раньше, чем это отмечено в официальных документах. Спустя месяц после смерти Алексея были казнены три крестьянина, которые стали невольными свидетелями его истязаний в Петергофе в мае того же года.
Историки, основываясь на материалах следственного дела, представили Алексея слабовольным и трусливым человеком, который ради спасения своей жалкой жизни выдал всех своих друзей и переложил на них ответственность за свои проступки. Но надо учитывать и то, что Петр, отстраняя Алексея от наследования власти, нуждался в оправдании своих действий в глазах сподвижников и народа. Именно ему нужно было представить Алексея как ничтожного человека, совершенно не пригодного ни к военным, ни к гражданским делам и тем более к управлению государством. Поэтому можно допустить, что следственное дело было переписано с целью подчеркнуть именно эти качества царевича. Не стоит предполагать, что царевич проявил во время допросов и пыток необыкновенное мужество и самообладание, но все же, как кажется, он вел себя несколько достойней, чем это представили впоследствии его откровенные враги.
Как показали материалы следственного дела, Алексей едва ли был достоин смерти и тем более изуверских пыток. Следствие не обнаружило никаких следов заговора против Петра, и единственная вина царевича состояла в том, что он без симпатии относился к Петру, его окружению и его делам и несколько неосторожно высказывался об этом. Поэтому в казни царевича просматривается откровенное желание Петра и Екатерины оставить престол своим детям. Отчасти это предположение подтверждает и дальнейшее поведение Петра: на другой день после смерти сына, 27 июня 1718 г., Петр устраивает многодневные празднества по случаю годовщины Полтавской баталии, затем по случаю своего тезоименитства и спуска на воду очередного корабля. На последнем мероприятии, как отметил гарнизонный журнал, «его величество и прочие господа сенаторы и министры веселились довольно».
О том же писал и австрийский резидент в России Плейер: «Царь на другой день (после казни Алексея) и после был очень весел. Семейство Меншикова в тот же вечер заметно радовалось, и тогда же благодарили Бога в церкви».
Можно понять эту хищную радость Петра и его ближайшего сподвижника: одному казалось, что он устранил последнее препятствие со своего царственного пути и закрепил российский трон за своими детьми, другому — что он избавился от неминуемой опасности, поскольку Алексей грозил ему казнью после своего воцарения за перенесенные от него издевательства.
Спустя месяц после смерти царевича Петр, находясь в Ревеле, отправил Екатерине письмо, смысл которого весьма темен и загадочен: «Что приказывала с Макаровым, что покойник нечто открыл (расскажешь), когда Бог изволит вас видеть; я здесь услышал такую диковинку про него, что чуть не пуще всего, что явно явилось».
Прежде всего, читателю стоит обратить внимание на неумение Петра свободно и вразумительно излагать свои мысли. Послание это темно не только из-за таинственных намеков, но также из-за элементарной безграмотности Преобразователя.
Следующее, что обращает на себя внимание в этом письме, так это отсутствие каких-либо переживаний по поводу смерти сына. Петра волнуют некие таинственные обстоятельства, которых Алексей не открыл даже под пыткой, но сама смерть сына оставляет его равнодушной.
Интересно это письмо и тем, что показывает царевича Алексея в более выгодном свете, чем это принято в официальной историографии. Он, видимо, проявил во время пытки немалое самообладание и не выдал своим мучителям каких-то важных обстоятельств.
Но есть среди переписки Петра и Екатерины тех дней такие письма, в которых слышится откровенная, какая-то злодейская радость по поводу смерти Алексея, которого они называют не по имени, а «зверем». Подобное поведение дает повод считать, что Петр видел в Алексее не сына, а скорее нежелательного соперника, устранения которого он тайно желал много лет. Так был ли он ему отцом?