Костная ткань стеноптеригия и других продвинутых ихтиозавров отличалась большим своеобразием. На срезах их позвонки, кости конечностей, плечевого и тазового поясов напоминали правильную ажурную решетку, образованную губчатой и волокнисто-пластинчатой тканями с обильными сосудистыми каналами. Ребра и гастралии, наоборот, уплотнились из-за преобладания компактной ткани. Костномозговая полость в костях конечностей и ребрах отсутствовала. Надкостница элементов, образующих переднюю кромку плавника, которая испытывала наибольшее лобовое сопротивление, утолщена. Иногда можно рассмотреть и более тонкие детали: позвонки стеноптеригия, запечатанные (и, видимо, очень быстро) в известковом стяжении, были защищены от бактериального разложения настолько хорошо, что теперь можно изучать гаверсовы каналы. Каналы были выстланы тонкими костными слоями с полостями остеоцитов, которые в свое время формировали коллаген. Сохранились и пучки сплетенных коллагеновых нитей (160 нм в сечении). Все это очень напоминало костную ткань кожистой черепахи, китов и морских слонов, конечности которых служат для руления и выдерживают большую нагрузку. В целом скелет получался прочный и легкий – удобный для стремительных пелагических животных, способных при необходимости на глубокое погружение. Предчелюстная и зубная кости рыла, выполнявшего роль пробойника, отличались особо крепким сложением.
Несмотря на множество остатков стеноптеригия, строение его мозга пока не изучено. Увы, тонкие черепа слишком покорежены каменными пластами, и даже всепроникающая компьютерная томография увидеть наиболее важные детали не помогает. Впрочем, мозг вряд ли сильно отличался от такового его современника и близкого родственника гауффиоптерикса (
По форме мозг, занимавший треть длины черепа, из-за раздвоенной и сильно выдвинутой вперед обонятельной области напоминает толстую клешню. Сходство усугубляется продольным изгибом. Есть заметное шишковидное вздутие больших полушарий, соответствовавшее пинеальному органу. Кое-что об устройстве мозга стеноптеригия могут поведать и его собственные кости. Так, рыло и нижняя челюсть пронизаны многочисленными ответвлениями тройничного и лицевого нервов. Возможно, и эта область головы, и сам рыбоящер отличались повышенной чувствительностью к колебаниям воды. Что тоже помогало отслеживать перемещения как добычи, так и свирепых хищников, которых в Хольцмаденском море было предостаточно среди более крупных ихтиозавров и плиозавров.
Хорошая сохранность мягких тканей в Хольцмадене позволяет не только взглянуть на стеноптеригия изнутри – со стороны скелета, но и увидеть его внешность. Высокая и широкая полулунная хвостовая лопасть, несомненно, служила основным движителем тела, проталкивавшим его сквозь водную толщу. Жесткость верхней лопасти придавала опорная структура из нескольких слоев коллагеновых волокон, наложенных внахлест друг на друга. Ведь рептилиям, в отличие от млекопитающих, проще изгибаться в горизонтальной плоскости (с боку на бок), а не в вертикальной (у китов хвост направлен параллельно поверхности моря). Ласты примерно в полтора раза шире своей скелетной опоры. Их коллагеновая основа была прочно связана шарпеевыми волокнами с многочисленными косточками конечности. Длинные передние плавники служили рулем и подводным крылом (как у длиннокрылых сельдевых акул). Грести ими ящер не мог из-за слаборазвитой плечевой мускулатуры. В большей степени роль стабилизатора выполнял широкий и высокий спинной плавник, опять же вполне «рыбий», уменьшающий рысканье и тем самым снижающий потери энергии. Он также был укреплен широкими и прочными коллагеновыми нитями.
И расчетная гидродинамика (в основе которой вычисление коэффициента лобового сопротивления и количественная оценка аэродинамического качества), и цифровое моделирование (с учетом всех параметров тела), и оценка вероятной скорости колебаний хвостовой лопасти предполагают достаточно малое лобовое сопротивление тела стеноптеригия. Взрослая особь могла разогнаться до скорости дельфинов равной величины. Маршевая скорость рыбоящера при дальних заплывах достигала 5,8 км/ч, а взрывная (в погоне за добычей или при избегании хищника) – 9,4 км/ч.