Но сотрудничества с филалетами у Калиостро не сложилось, а вышел конфликт. Калиостро согласился участвовать в собраниях филалетов только при условии участия в них нескольких его адептов, в частности Лаборда, но конвент отказался. Отверг конвент и предложение магистра присоединиться к Египетскому ритуалу. И даже не пожелал направить трех своих членов в Лион, чтобы там они могли пройти посвящение в материнской ложе Египетского масонства. 10 марта 1785 года Калиостро направил филалетам письмо: "…
Неведомый Великий магистр истинного масонства бросил свой взор на филалетианцев… Тронутый искренностью открытого признания их желаний, он соизволил простереть свою руку над ними и согласился пролить луч света в темноту их храма. Это есть желание неведомого гроссмейстера показать им существование единственного Бога — основы их веры; первоначальное достоинство человека; его силы и его предназначение… Показать, что они познают благодаря действиям и фактам, благодаря свидетельству органов чувств — БОГА, ЧЕЛОВЕКА и промежуточные духовные существа (принципы), находящиеся между ними; всему этому истинное масонство дает символические значения и указывает истинный путь. Пусть же филалеты примут учения этого истинного масонства, подчинятся правилам его высшего руководителя и примут его постановления. Но прежде всего да будет очищено Святилищ, и пусть филалеты знают, что свет может снизойти лишь на Храм Веры (основанной на знании), а не на Храм Скептицизма. Пусть они предадут огню бесполезные и ненужные залежи своих архивов; ибо лишь на руинах Храма Беспорядка может быть воздвигнут этот Храм Истины".Блаватская, процитировав это письмо, поясняет: "
Недовольство ложи было вызвано тем, что Калиостро, сперва предложивший взять на себя заботу о ней, отказался от своих предложений, так как "собрание" не приняло постановления о египетском ритуале, а также из-за того, что Филалеты не согласились предать огню свои архивы, — что было его sine qua поп [необходимым] условием".С условиями и требованиями Калиостро перекликается и письмо из основанной им в Лионе материнской ложи Египетского ритуала, направленного филалетам:
"Во славу Господа,
Во имя и волею Великого мастера ордена
Ложа Побеждающей Мудрости, материнская ложа Египетского обряда, местопребывающая в Лионе,
Друзьям своим, собравшимся в Париже.
Привет, Сила и Счастье.
Дражайшие наши братья, есть масоны, коих еще ни один уголок на земле не являл вашим взорам; их братский голос обращается к вам: не ищите более. Мы видели непреложную истину, она восседала среди нас на обломках сомнений и систем. Вы увидите ее, дорогие наши братья, она придет в ваши мастерские, как только вы отбросите все ваши материалы, полезные только тем, что они подтолкнули вас к поиску истины. Лишь безумец строит планы на песке.