Однако вечером поднялся ветер и начался шторм — один из тех, что часто случаются осенью в районах западного побережья Кюсю. К счастью для защитников Японии, постепенно усиливавшаяся буря превратилась в смертоносный тайфун. Монголы вынуждены были вывести свои суда из бухты в море, где свирепый ураган в течение ночи разметал по водной поверхности монгольский флот, отправив на дно его лучшую часть, более 200 кораблей. Большое количество монгольских, китайских и корейских войск погибло в морской пучине. Монгольские военачальники недосчитались в своих рядах более 13,5 тысяч человек. Потрепанные остатки армады вынуждены были в беспорядке вернуться в Корею. В японской истории первое нашествие монголов, кроме Моко сюрай и Гэнко, получило еще название Бунъэй-но эки — война годов Бунъэй (годы Бунъэй, по японской традиции летоисчисления, продолжались с 1264 по 1275 год) — война, которая шла в годы правления императора Камэяма, правившего в 1260–1274 годах.
Монголы предприняли военную экспедицию в ноябре, когда около побережий Кюсю часто бывают бури. Была ли случившаяся трагедия просчетом Хубилая или следствием излишней самоуверенности монголов, говорить трудно. Факт остается фактом — монголы потерпели жестокое поражение.
В Японии праздновали победу. Ни у кого не было сомнения, что национальные боги Японских островов помогли отразить иноземную агрессию. С другой стороны, японцы понимали, что катастрофа в заливе Хаката не обескуражит монголов и Хубилай вновь предпримет попытку захватить их страну. Монголы не прощали своих проигрышей, были злопамятными и мстительными. Они снова возвращались туда, где с ними случалась неудача или они потерпели поражение. Сопротивление противника только озлобляло их. Но и победив, монголы никого не щадили и злобствовали от души. Японцы знали об этом раньше и смогли убедиться на личном опыте. Они знали, что им угрожает, поэтому начали готовиться к новому вторжению очень серьезно.
Некоторые японские стратеги, окрыленные победой, предложили Токимунэ не ждать новой атаки монголов и опередить их, высадив свои войска на Корейском полуострове. Сначала эта идея была одобрена, однако потом от планов упреждающего удара для устрашения противника пришлось отказаться из-за трудностей со снабжением экспедиции и из-за того, что японцы не смогли бы отправить в Корею достаточно крупный контингент войск, а малый десант был бы обречен на уничтожение. Японцы решили сконцентрировать свои усилия именно на обороне, а не на наступлении.
Долго ждать не пришлось. Уже в следующем, 1275 году, Хубилай возобновил свои притязания к Японии. На острова вновь были отправлены послы, которые, конечно же, тоже знали, что их ожидает после резни, устроенной завоевателями на Японских островах осенью прошлого года. Тем не менее, они держали себя уверенно, как подобает представителям великой страны. Окончательное решение опять пришлось принимать сиккэну Ходзё Токимунэ, руководившему военным правительством, и двору монарха Японии, формальным главой которого был Камэяма, отрекшийся от престола в пользу своего малолетнего сына Го-Уда (Гоуда) в 1274 году. Решения принимал не восьмилетний Го-Уда, а императорский двор Киото от его имени.
Ни угрозы, ни ультиматумы не возымели своей силы. По приказу военного правительства Японии послы были обезглавлены. Второе нашествие становилось реальностью, надо было торопиться.
Ожидая повторного вторжения, стратеги бакуфу приступили к тщательному изучению тактики ведения монголами боевых действий. Они учитывали и анализировали просчеты и недостатки прошедших боев. Во время первого вторжения японцам мешала традиция индивидуального ведения боя, в противоположность широкомасштабным маневрам монгольских войск. Перед новым походом монголов самураи уже знали манеру ведения боя врагами и в последующих сражениях ничем не уступали захватчикам. Сёгунатом была запланирована срочная реорганизация системы береговых укреплений на севере острова Кюсю и юго-западном побережье Хонсю. Решено было удлинить прежние сооружения и построить новые. Для этого в прибрежные районы правительство стало сгонять большое количество крестьян из ближайших и отдаленных земель. Правительство Камакура отправило письмо сёгунским комиссарам Кюсю от 10 марта 1276 года с напоминанием о том, что они должны организовать на острове строительство каменных оборонительных стен силами местного населения. Строители приступили к возведению вокруг залива Хаката оборонительных валов из земли и камней. В местах предполагаемой высадки монгольского десанта началось сосредоточение самурайских дружин.