Такая же ожесточенная борьба шла на море, где монгольский флот был атакован японскими боевыми лодками. Преимущество и здесь было на стороне японцев, так как громоздкие монгольские корабли не имели больших возможностей для маневра на воде. Военные лодки японцев были чрезвычайно подвижными и легкими. Несмотря на тучи стрел и каменных снарядов, выпускаемых монголами из катапульт, японские суда старались подойти к кораблям противника вплотную. Самураи, прячась за бортами своих плавательных средств и щитами, приближались к неприятельским кораблям и, оказавшись в непосредственной близости от них, быстро вставали, молниеносно взбирались на монгольские суда, часто используя мачты своих лодок, и уничтожали находившихся на них воинов-десантников и матросов.
Борьба на море шла не только днем, но и ночью. И японские воины достигали своей цели. В сумерках, во время ночных рейдов на лодках им часто удавалось проникнуть на неприятельские корабли, перебить команду и сжечь хотя бы один из них. Поэтому, чтобы как-то обезопасить себя от таких нападений, монголы стали соединять суда корабельными цепями, создавая подобия крепостей на воде.
Японцы воевали с презрением к смерти, и это помогало им в борьбе. Монголы и их союзники не были так подготовлены к самопожертвованию, на которое шли японские воины. Самураи побеждали в единоборстве на небольшом пространстве, так как были лучше обучены индивидуальному ведению боя, нежели тяжеловооруженные монголы.
История донесла до нас множество эпизодов героической борьбы японцев с монгольскими захватчиками. В сражении на воде особенно отличился самурай Кусано Дзиро. На боевую лодку Кусано противник обрушил град стрел и ядер, одно из которых оторвало ему левую руку. Тем не менее, Кусано продолжал руководить боем, и его команда взяла на абордаж монгольский корабль. Если верить историческому источнику, раненый воин, превозмогая боль, смело вступил в схватку с врагом на палубе неприятельского судна и собственноручно убил 21 человека, а затем предал враждебный корабль огню, что еще больше воодушевило японцев.
Японский военачальник Коно Митиари перед схваткой с монголами написал молитву богам, прося их покарать ненавистного врага. Затем он сжег бумагу с текстом молитвы, а пепел проглотил. Под руководством Митиари были снаряжены две гребные военные лодки, на которые он посадил избранных воинов, отличавшихся отвагой и боевым мастерством. Самураи спрятали свои мечи в складках одежды, и Митиари направил лодки к флагманскому кораблю монголов. Те ошибочно подумали, что японцы безоружны и приближаются для того, чтобы вести переговоры или сдаться в плен. Это позволило японцам беспрепятственно подойти к врагу. Когда лодки самураев оказались в непосредственной близости от монгольского корабля, японцы молниеносно взлетели на его палубу. Началась кровавая рукопашная схватка. Многие в этом бою пали, но другим все же удалось поджечь неприятельский корабль. В результате отчаянной схватки в плен к японцам попал командующий монгольским флотом.
Сражение на море и на побережье продолжалось почти без перерывов несколько недель. Встретив со стороны японцев такое неожиданно упорное сопротивление и понеся при этом существенные потери, монголы и их союзники отошли от залива Хаката. Содействовали такому решению начавшиеся в условиях страшной жары и скопления на кораблях большого числа монгольских и китайских войск инфекционные болезни, унесшие несколько тысяч жизней. По изменившемуся плану, агрессоры должны были выйти в море и продвинуться на запад для встречи со вторым соединением, которое запоздало с выходом из Китая, для перегруппировки сил и нанесения нового удара по Кюсю.
В конце июля понесшая потери восточная группа монгольского флота оставила побережье. Часть кораблей снова направилась к острову Ики. Остальные подошли к острову Хирадодзима, расположенному около западного побережья Кюсю. Здесь произошла встреча уже воевавших сил со второй флотилией, задержавшейся с отплытием с континента. После кратковременного отдыха объединившийся огромный флот монголов атаковал остров Такасима с целью создания нового плацдарма для вторжения на юг Японии. На этот раз атаку предполагалось произвести в заливе Имари. Опять над Японией нависла смертельная угроза. Каждый японец знал, что сулит стране монгольское нашествие.
Сёгунат спешно начал стягивать войска в районы предполагаемой высадки монголов. Армия готовилась к решающим сражениям, от которых, возможно, зависела государственная самостоятельность и независимость феодальной Японии, жизнь сотен тысяч людей.