В то же время император и его аристократическое окружение, должностные лица высших рангов, чиновники военного правительства, синтоистское и буддийское духовенство в самый критический момент разворачивавшихся событий обратили свои молитвы к национальным синтоистским божествам. Аристократия, чиновничество, священники и монахи по всей стране начали тщательно готовить и проводить в храмах Синто торжественные церемонии, в ходе которых молящиеся от своего собственного имени и имени защитников Японии умоляли местных японских богов о помощи. Главный обряд был совершен в центре молений — синтоистской святыне — храме Исэ, традиционном месте паломничества японцев. Экс-император Камэяма даже обещал принести себя самого в жертву во имя спасения страны.
И именно в это, а не в другое время, в месте, где должна была решиться судьба Японии, произошли события, которые были истолкованы синтоистскими священнослужителями как подтверждение божественной благосклонности к японскому народу. Как будто услышав мольбы японцев, природа послала им и помощь бурю, опять разрушившую все планы завоевателей.
16 августа 1281 года в середине дня на ясном и безоблачном небе неожиданно появилась темная полоса, которая, быстро увеличиваясь, охватила не-Гюсвод и затмила солнце. В течение считанных минут разразился небывалой силы смертоносный тайфун, нередкий в этой части Восточно-Китайского моря. Смерч пронесся над островом Такасима и прилегающим к нему районам как раз в том месте, где была сосредоточена армада монгольских кораблей. Ураган прошел над сушей и морем с юго-запада на северо-восток. Он переворачивал корабли, бил их друг о друга, давя в разрушающихся судовых конструкциях людей. Те, кто пытался покинуть гибнущие корабли и достичь берега, находили гибель в водной стихии. До побережья добрались очень немногие. Когда через три дня ветер стих, тучи рассеялись, и небо вновь прояснилось, от монгольско-китайско-корейского флота осталась едва ли четверть первоначального состава. Потери монгольских завоевателей были поистине катастрофическими — 4 тысячи военных кораблей и около 100 тысяч человек погибло в пучине. Побережье острова Такасима и берег залива Имари были покрыты остовами выброшенных монгольских судов, корабельными обломками, трупами солдат и боевых коней.
Чудо свершилось второй раз! Японцы верили, что национальные боги покровительствуют их стране, и шторм, погубивший монгольскую армаду вторично, был тому свидетельством. Он углубил веру японцев в своих богов и подтвердил, что Япония пользуется божественным покровительством духов Синто.
Остатки монгольского флота на поврежденных и изуродованных тайфуном кораблях покинули омывающие Кюсю воды и вновь в полном беспорядке вернулись в Корею. Те войска, которые успели высадиться на сушу, были совершенно деморализованы, остались без поддержки и продовольствия, во враждебном окружении, и не могли оказать японцам достойного сопротивления из-за отсутствия необходимого снаряжения и оружия. Отдельные отряды завоевателей были окружены и блокированы в нескольких местах. Приблизительно 30 тысяч монголов, китайцев и корейцев попали в плен. Большинство их либо было уничтожено самураями, либо обращено в рабство. Так бесславно окончилась для Хубилая вторая грандиозная кампания покорения Японии.