Распоряжение папы, датированное 8 января 1600 года, было быстро доставлено в Неаполь и два дня спустя вручено нунцию. Папа назначил Альдобрандини и Пьетро де Вера своими представителями в трибунале, который проведет следствие и осудит заговорщиков-клириков: Этот трибунал, составленный из представителей церкви и светских властей, должен был служить интересам вице-короля, хотя формально считался трибуналом, где судьи действовали в силу власти, полученной от святого престола. Желая сохранить видимость верховенства церкви, Климент VIII приказал, что право вынесения приговора лицам духовного звания предоставляется только «апостолическим комиссарам». Приговор подлежал утверждению папой. Климент закрывал глаза на то, что все узники находились в безраздельной власти вице-короля, и сам де Вера был назначен по настоянию графа Лемоса, который и мог оказывать через него любое давление на трибунал. А директивы вице-короля были просты: судить заговорщиков скорым и жестоким судом, чтобы и другим крамольникам неповадно было поднимать голову.
После признаний, сделанных Ринальди, следствию было очень важно, чтобы и в горой из осужденных, Чезаре Пизано, ради «облегчения души» пошел бы на новые разоблачения. Санчес решил помочь Пизано покаяться. Он приказал бросить его в карцер и ничего не давать есть.
Прошло трое суток. Пизано мужественно переносил страдания. На четвертый день в дело вмешались члены епархиальной инквизиции. Они принялись увещевать Пизано. Если он не откажется от своего злонамеренного упрямства и будет пренебрегать примером Ринальди, то казнь не заставит себя долго ждать. У него есть единственный выход: раскрыть все преступления, совершенные против матери церкви и отдаться под ее защиту. Уполномоченные архиепископа обещали Пизано, что если он расскажет о еретических умонастроениях, царивших среди заговорщиков, то его в соответствии с распоряжением папы отправят в Рим и он тем самым избежит казни. Святая инквизиция отнесется к нему с предельной мягкостью, он будет примирен с церковью и понесет нетяжелое наказание. А главное — он сохранит жизнь! Его убеждали, что смертный приговор Ринальди уже отманен.
И Пизано поверил красноречивым посулам попов. 15 января он согласился «облегчить душу» новыми признаниями. Они были сбивчивы и путаны. Пизано подтвердил многое из того, что раньше упрямо отрицал, дополнил прежние показания рядом очень важных подробностей и обстоятельно рассказал о беседах, во время которых высказывалась ересь. Все, что он говорил, уполномоченные архиепископа тщательно записывали. Когда он кончил, они пообещали ввиду особой важности добытых сведений тотчас же доложить обо всем самому владыке. Они клялись, что участь Пизано будет быстро облегчена. Но и на четвертые сутки ему не дали никакой пищи.
Следующий день был воскресеньем. Несмотря на это, в тюрьму приехал заместитель архиепископа Эрколе Ваккари. По его словам целью визита было желание довести дело до благополучного завершения. Он объявил Пизано, что тот должен под пыткой подтвердить правильность данных накануне показаний. Только тогда они приобретут полную юридическую силу, и апостолический нунций, основываясь на них, сможет потребовать от вице-короля передачи Пизано церковным властям, которые и отправят его в Рим. Пизано боялся пытки. Отец Ваккари, смиренный пастырь, елейным голосом убеждал его, что это делается в его собственных интересах: путь к спасению нелегок, но оно уже не за горами, и правда, подтвержденная в муках, приблизит его.
Помощники палача потащили Пизано на дыбу. Ваккари спросил его, подтверждает ли он вчерашние признания. Палач старательно помогал выявлению истины. Пизано кричал, что все сказанное им чистейшая правда. Но Ваккари не удовлетворился этим и потребовал, чтобы пытаемый заявил, что он дал свои показания добровольно, без всякого принуждения, исключительно ради облегчения совести и спасения души. Пизано подтвердил и это. В конце концов он не выдержал и взмолился: «Монсеньёр, будьте милостивы! Я сказал правду. Будьте милостивы! Я совсем обессилел — четверо суток у меня ни крошки не было во рту!»