С дарвиновской точки зрения нейтральные мутации — вообще не мутации. Но с молекулярной точки зрения они чрезвычайно удобны, потому что постоянная частота их возникновения обеспечивает точность молекулярных часов. Единственный спорный вопрос, поднятый Кимурой, состоит в том, много ли нейтральных мутаций. Кимура считал, что их подавляющее большинство, и если это правда, то для молекулярных часов это просто замечательно. Дарвиновский отбор остается единственным объяснением адаптивной эволюции, и можно доказывать (я готов), что большинство, если не все эволюционные изменения, которые мы наблюдаем в макроскопическом мире (в противоположность изменениям, спрятанным среди молекул), адаптивны и имеют дарвиновскую природу.
Молекулярные часы, в соответствии с описанным принципом, показывают относительное, а не абсолютное время. По ним можно определять время расхождения ветвей в ходе эволюции, но только в условных единицах. К счастью, благодаря еще одному великому научному прорыву, который привел бы Дарвина в восторг, в нашем распоряжении есть различные абсолютные часы для датировки ископаемых, в том числе известные скорости радиоактивного распада изотопов, содержащихся в вулканических породах, слои которых перемежаются со слоями осадочных пород, где находят ископаемые. Взяв какую-либо группу животных, богато представленную в палеонтологической летописи, и датировав моменты раздвоения ее генеалогического древа (с помощью молекулярно-генетических часов и радиометрических часов), можно подтвердить выраженные в условных единицах данные генетических часов и одновременно откалибровать их, чтобы определять реальные миллионы лет. Это позволяет установить, что предки людей и шимпанзе разошлись друг с другом от пяти до восьми миллионов лет назад, африканские человекообразные обезьяны и предки орангутанов — около четырнадцати миллионов лет, а все человекообразные обезьяны и остальные обезьяны Старого Света — около двадцати пяти миллионов лет.