Командование флотилии приняло решение эвакуировать беженцев на военных кораблях. Руководил эвакуацией командующий флотилией контр-адмирал Лященко. Утром 15 января первым в море вышло учебное судно «Ока». За ночь с 15 на 16 января «Ока» вывезла из Баку в Махачкалу 165 человек. Следом вышло кабельное судно «Эмба» и четыре гидрографических судна. Суда были забиты беженцами до отказа.
Время в пути из Баку до Махачкалы составляет около полутора суток. Камбуз не в состоянии был обеспечить такое количество людей горячей едой, поэтому всем давали только чай и хлеб. Для сокращения времени рейса ходили напрямик через Дербентскую впадину, хотя там судам ходить не рекомендовалось, так как в случае шторма негде было укрыться.
В пунктах высадки — Махачкале и Красноводске — через сутки беженцев встретили моряки подразделения, которым командовал капитан 3‐го ранга А. Гавриленко. Людей временно разместили, а затем началась отправка их в те районы, куда они пожелали выехать. Всего флотом было эвакуировано свыше 800 человек.
Ночью 20 января в морской порт Красноводска из Баку прибыл последний паром с сотнями беженцев. После этого переправа беженцев паромами «Советская Калмыкия», «Советский Таджикистан» и «Советская Грузия» из Баку в Красноводск прекратилась в связи с введением чрезвычайного положения в Баку. Всего с 15 января паромами было перевезено 9600 человек.
«Не последней целью азербайджанских боевиков были военные склады, в том числе и принадлежащие ВМФ. В Баку было три флотских арсенала. Центральный располагался в городе, в поселке Зых. Еще в начале XX века там были построены огромные подземные хранилища, где теперь были складированы ракеты, снаряды, торпеды, глубинные бомбы.
Филиал центрального арсенала находился от центра Баку на юг, в сторону Ленкорани, в поселке Гобустан, недалеко в горах: не подземный, а наземный. Там орудия корабельные, пулемёты разного калибра, разнокалиберные орудия для СКРов — сторожевых кораблей 40‐го и 50‐го проектов. Там же находился наш запасной командный пункт командования флотилии: огромные подземные помещения с принудительной вентиляцией и кондиционерами, автономной электростанцией и системой связи. Целый городок с казармами. Народу немного: в основном связисты и обслуживающий персонал — что-то около 80 человек. Охрана небольшая.
И третий — у «клюва» Апшеронского полуострова, в 63 километрах от «корня» полуострова. Здесь были и подземные, и наземные хранилища, где хранился НЗ на случай войны. Здесь же складировалось и химическое оружие. В 30 километрах от склада был наш военный аэродром «Кала». Именно на третий склад чаще всего нападали боевики, зная, что там колоссальные запасы вооружения. Все их атаки были отбиты.
<…>
По приказу министра обороны СССР для усиления 295‐й мотострелковой дивизии, а она была по тому времени «сокращенной», воздухом прибыли отмобилизованные подразделения из числа военнослужащих запаса Северо-Кавказского военного округа или, как их называли в народе, «партизан». Почему к этому пришлось прибегнуть, в интервью 12 февраля 1990 г. рассказал заместитель начальника Политуправления сухопутных войск, генерал-майор Виктор Романович Макаров: «Вы знаете, что для укрепления советско-иранской границы большая часть войск Бакинского гарнизона была выведена из города еще в начале января. А по нашим представлениям, недопустимо оставлять крупнейший город, да еще в приграничном Закавказском военном округе в столь незащищенном виде. Недостаток в рядовом составе решено было компенсировать за счет резервистов». В основном это были казаки из Ростовской области, Ставропольского и Краснодарского краев. Всех их призывали по тревоге, переодевали в военную форму, вручали оружие и сажали в самолеты. Как рассказывал военный комиссар Ростовской области генерал-лейтенант Николай Дмитриевич Пыпник: «Около полуночи 15 января я получил приказ командующего Северо-Кавказским военным округом. На следующий день примерно в 19 часов первые самолеты с резервистами вылетели в Баку». О боевой задаче они узнавали уже в воздухе.
Помимо резервистов, с 12 по 19 января 1990 года для усиления существующей войсковой группировки на аэродромы «Кала» и «Насосный» приземлились воины-десантники 76‐й (Псковской) и 106‐й (Тульской) воздушно-десантных дивизий, командиры: генерал-майоры В.С. Халилов и А.И. Лебедь, а также 38, 56‐й воздушно-десантных бригад, 217‐го парашютного полка. Всего, кроме частей, постоянно дислоцирующихся в регионе, дополнительно прибыло около 20 тысяч воинов-десантников и 20 тысяч бойцов Внутренних войск МВД СССР.