С точки зрения авторов, одним из таких недостатков являлось нахождение контрразведки в составе Военного министерства, а не МВД. Тем самым одна из важнейших функций государства — обеспечение безопасности — оказалась разделенной межведомственными барьерами со всеми вытекающими отсюда последствиями. Более того, «Положением о полевом управлении войск в военной время» 1914 г. была децентрализована система органов военного управления, а вместе с ними и контрразведки, — на фронтовые и тыловые. Эту модель полностью воссоздал адмирал А.В. Колчак, чье правительство претендовало на роль Российского. Подразделения военной контрразведки формировались вместе с армейскими и окружными штабами и наделялись функциями борьбы со шпионажем и политического сыска, что в условиях отсутствия территориальных органов безопасности являлось делом оправданным.
Авторы видят две основных причины задержки с формированием последних на территории белой Сибири. Одной из них могло быть доминирование реальной власти в руках военных, которые все важнейшие вопросы, в том числе обеспечение безопасности тыла, старались решать собственными силами, в данном случае силами военной контрразведки. С другой стороны, в период «демократической» контрреволюции, до прихода к власти адмирала А.В. Колчака в ноябре 1918г., идея возрождения политической полиции и ее территориальных органов негативно воспринималась большинством тогдашних политических лидеров антибольшевистского движения, поскольку ассоциировалась ими с одиозной в их восприятии царской охранкой. Так или иначе, но с ее формированием в итоге существенно запоздали.
Создание государственной охраны было инициировано руководителем Департамента милиции МВД В.Н. Пепеляевым и являлось в целом правильным шагом в направлении обеспечения государственного образования, но несколько запоздалым. Разграничение функций (борьбы со шпионажем и политического розыска) между контрразведкой и госохраной, как предлагал В.Н. Пепеляев, вряд ли было уместным в условиях Гражданской войны, т.к. безопасности армии в большей степени угрожали внутренние враги, нежели разведслужбы противника и союзников. Было бы более уместным регламентировать взаимодействие двух розыскных органов или же разделить зоны ответственности: контрразведка обеспечивает безопасность армии, а государственная охрана — госаппарата, промышленности, транспорта и т.д. Но, судя по всему, обсуждение инициативы директора ДМ велось на внутриведомственном уровне, а не государственном. При формировании контрразведки и государственной охраны власти не разработали принципиально новой нормативно-правовой базы, которой бы определялись принципы функционирования, полномочия и сфера ответственности государственных и военных органов в области обеспечения государственной безопасности в условиях Гражданской войны.
Как показало исследование, основная тяжесть в борьбе с врагами режима — большевиками и эсерами — легла на контрразведку, поскольку ее структуры были образованы ранее (некоторые еще до прихода к власти адмирала А.В. Колчака) территориальных органов безопасности, приобрели оперативный опыт и т.д. А формирование госохраны как целостной структуры так и не было завершено до падения колчаковского режима.