Однако обеспечивавшая безопасность всей политической системы контрразведка оставалась структурной единицей военных штабов различных уровней. Новые функции требовали более высокого ее статуса в государственном механизме, изменения организации, увеличения сил и средств. Несмотря на предпринимаемые усилия, белогвардейцам так и не удалось создать централизованно управляемой службы контрразведки, что мешало работе агентуры, создавало нездоровую конкуренцию между структурами различной ведомственной принадлежности. Подчинение контрразведывательных структур командирам и штабам различных уровней, вплоть до начальников гарнизонов, имело ряд недостатков, поскольку большинство военных, включая офицеров Генерального штаба, не имели представления о функциях спецслужб и не разбирались даже в азах оперативно-розыскной деятельности, поэтому не могли ими эффективно руководить. Непосредственное подчинение руководителей контрразведывательных органов воинским начальникам сковывало инициативу первых, особенно при расследовании преступлений в армейской среде. Этих изъянов удалось избежать госохране, подчинявшейся Департаменту милиции. Анализ архивных документов свидетельствует о том, что противодействие военному, политическому и экономическому шпионажу не являлось приоритетным направлением деятельности контрразведки. Ее основные усилия, наряду с государственной охраной, были сосредоточены на борьбе с большевистским подпольем. Благодаря их активным действиям советскому партийно-государственному руководству так и не удалось организовать крупное вооруженное восстание в Сибири. Несмотря на то что деятельность контрразведки и государственной охраны не была скоординирована между собой, эти силовые структуры неоднократно ликвидировали нелегальные большевистские организации, срывали их планы по проведению подрывных акций в отношении белогвардейской власти, что давало возможность колчаковским армиям вести войну в течение года. Но полностью обезопасить свой тыл спецслужбы не смогли по следующим связанным между собой причинам. Во-первых, им не удалось ликвидировать связь Советской России с большевистским подпольем, благодаря чему разгромленные организации восстанавливались и продолжали подрывную деятельность. Во-вторых, политика Российского правительства создавала социально-экономические предпосылки для негативного отношения широких слоев населения к властям, о чем писали и сами участники Белого движения. Между тем следует подчеркнуть, что и контрразведка, и государственная охрана регулярно информировали командование и органы власти о причинах недовольства населения своим социально-экономическим положением, которое перерастало в стачки и вооруженные выступления, выдвигали свои предложения по нормализации обстановки. Поступавшая от них объективная информация отнюдь не послужила для властей сигналом для серьезной корректировки внутриполитического курса, что обернулось для них поражением. В условиях острого политического и экономического кризиса у правительства не хватало сил и средств для удовлетворения насущных потребностей широких слоев населения. Помощь оказывалась в первую очередь представителям торгово-промышленного капитала.
По нашему мнению, недооценка высшим военно-политическим руководством упреждающей достоверной информации о настроениях населения, непринятие оперативных адекватных мер по корректировке социально-экономической политики привели к поражению колчаковского режима. Превалировали силовые методы, позволявшие лишь временно нейтрализовать социальные конфликты, но не решавшие проблемы в целом.
Бывшие царские военачальники во главе с А.В. Колчаком, будучи хорошо подготовленными в военном отношении профессионалами, оказавшись по стечению обстоятельств в роли политических и государственных деятелей, не имели достаточного опыта и времени для освоения искусства политики и государственного управления, которого требовала критическая ситуация противоборства с большевиками. В итоге они не сумели привлечь на свою сторону широкие массы народа, а потому не смогли полноценно мобилизовать материальные и человеческие ресурсы и создать надежную опору власти — результативно действующий административно-управленческий аппарат. По мнению авторов, данное обстоятельство стало одной из главных причин поражения антибольшевистских сил в Гражданской войне, поскольку социум, лишенный функции самосохранения, обречен на гибель.