Этот документ написан, кажется, более для того, чтобы обдумать и сформулировать линию собственного поведения, чем дать наставление сыну и наследнику. К тому же трудно предположить, что Екатерина хоть сколько-нибудь надеялась, что Павел будет придерживаться ее советов.
Назначенный в феврале 1790 года московским главнокомандующим князь Александр Александрович Прозоровский — старый фронтовой генерал, человек ограниченный, надменный, необразованный, он с подозрением относился к образованным людям и ценил только дисциплину и исполнительность по службе. Вскоре по вступлении в должность он получил от императрицы указание наблюдать за московскими масонами: «Касательно известной шайки полезно будет без огласки узнать число людей, оной держащихся: пристают ли вновь или убывают ли из оной». Прозоровский смотрел на масонов глазами императрицы, и все в них вызывало его подозрение: и собрания, и печатание книг, и устройство больниц, и посылка студентов за границу, и широкая благотворительность. В. И. Лопухин в своих воспоминаниях рассказывает, как однажды Прозоровский, разоткровенничавшись, сказал, что государыня несколько раз спрашивала его, почему он не арестует Новикова. Прозоровский отвечал: «Тотчас, если только приказать изволите». Но Екатерина не решалась отдать приказ, говоря: «Нет, надобно прежде найти причину». Из этого рассказа следует, что участь Новикова была решена задолго до его ареста и следствия.
Причиной, или, правильнее сказать, поводом для ареста послужил совершенно ничтожный случай. Императрице попалась на глаза староверческая книга «История о отцах и страдальцах Соловецких», напечатанная церковными литерами в необозначенной типографии. 13 апреля 1792 года Екатерина подписала указ Прозоровскому: так как книга эта наполнена писаниями, «благочестивой нашей церкви противными, так и государственному правлению поносительными», а в издании ее подозревается Новиков, то его арестовать, в доме и лавках произвести обыск — «не найдется ли у него таковая книга, либо другие ей подобные или же, по крайней мере, литеры церковные».
22 апреля Прозоровский приступил к исполнению императорского указа. «Все вдруг книжные лавки в Москве, — описывает события этого дня И. В. Лопухин, — запечатали, также типографию и книжные магазины Новикова, и домы его наполнили солдатами, а он из подмосковной взят был под тайную стражу, с крайними предосторожностями и с такими воинскими снарядами, как будто на волоске тут висела целость всей Москвы».
Книги, названной в указе императрицы, у Новикова не обнаружили, как и церковных литер, зато нашли в лавках 20 книг, ранее запрещенных, и масонские издания, не проходившие цензуру.
Началось следствие. Екатерина присылала Прозоровскому инструкции, о чем «нужно спросить» Новикова, фактически сама вела дознание. Среди изъятых бумаг оказались и те, которые особенно интересовали императрицу, — бумаги о связях московских масонов с великим князем Павлом Петровичем: отчеты архитектора В. И. Баженова о его свиданиях с наследником. После этого следствие приняло четкое направление. Лопухин в своих «Записках», написанных около двадцати лет спустя после этих событий, когда все было уже спокойно обдумано, когда стали известны многие, ранее скрытые обстоятельства, пишет: «Вопросы сочинены были очень тщательно. Сама государыня изволила поправлять их и свои вмещать слова. Все метилось на подозрение связей с тою ближайшею к престолу особою, как я упоминал выше; прочее же было, так сказать, только для расширения завесы». Но во время допросов Лопухин не разделял, что было главным, а что завесой — всё казалось существенным, и никак нельзя было понять, в чем же заключается обвинение Новикова.
Связи московских масонов с цесаревичем через Баженова оказались малозначащими: в 1774 году Новиков, по предложению Баженова, передал Павлу несколько книг — дело обычное в издательской практике. Второй раз, в 1788 году, Баженов отвез еще несколько книг, которые были приняты благосклонно, но при этом Павел спросил, нет ли в их, то есть новиковского общества, деятельности чего худого; Баженов уверил, что ничего худого нет; на что цесаревич ответил: «Бог с вами, только живите смирно». Третья встреча состоялась в 1791 году; как только Баженов заговорил о масонах, Павел с гневом грубо оборвал его: «Я тебя люблю и принимаю как художника, а не как мартиниста; об них же и слышать не хочу, и ты рта не разевай об них говорить».
У Прозоровского сложилось впечатление, что Новиков хитрит и что-то скрывает, хотя тот рассказал о встречах Баженова с Павлом все, что знал. Видимо, именно эта откровенность и казалась генералу подозрительной. «Такого коварного и лукавого человека, — писал он, отчитываясь перед Екатериной, — я, всемилостивейшая государыня, мало видел. К тому же человек натуры острой, догадливый и характер смелый и дерзкий, хотя видно, что он робеет, но не замешивается. Весь предмет его только в том, чтобы закрыть его преступление».