И хотя поручик Новиков не признается в том, чтобы противу правительства он и сообщники его какое злое имели намерение, но следующие обстоятельства обнаруживают их явными и вредными государственными преступниками».
Далее шли обвинения по пунктам: «Они делали тайные сборища»; «Мимо законной, Богом учрежденной власти дерзнули они подчинить себя герцогу Брауншвейгскому, отдав себя в его покровительство и зависимость»; «Имели они тайную переписку с принцем Гессен-Кассельским и с прусским министром Вельнером изобретенными ими шифрами и в такое еще время, когда берлинский двор оказывал нам в полной мере свое недоброхотство»; «Они употребляли разные способы, хотя вотще, к уловлению в свою секту известной по их бумагам особы; в сем уловлении, так как и в помянутой переписке, Новиков сам признал себя преступником»; «Издавали печатные у себя непозволительные, развращенные и противные закону православному книги».
Заключался указ текстом собственно приговора: «Впрочем, хотя Новиков и не открыл еще сокровенных своих замыслов, но вышеупомянутые обнаруженные и собственно им признанные преступления столь важны, что по силе законов тягчайшей и нещадной подвергают его казни. Мы, однако ж, и в сем случае следуя сродному нам человеколюбию и оставляя ему время на принесение в своих злодействах покаяния, освободили его от оной и повелели запереть его на пятнадцать лет в Шлиссельбургскую крепость».
Даже малосведущий, но объективный человек легко мог бы разглядеть натяжки в обвинении, однако указание на то, что «поручик Новиков не признается в том, чтобы противу правительства он и сообщники его какое злое имели намерение», и что «Новиков не открыл еще сокровенных своих замыслов», значило, что этим указом следствие не прекращается. И действительно: Прозоровскому было дано указание допросить «сообщников Новикова» — членов его ложи, товарищей по Типографической компании. Среди предложенных им вопросов был и такой, в котором упоминалось имя Карамзина: «Неоднократные посылки в чужие края Шварца, барона Шредера, Кутузова, Карамзина, так и отправление студентов из Вашего сборища без позволения правительства навлекли уже правительству подозрение: то и открыть Вам о причинах отправления тех людей, и какие от Вашего сборища даны наставления, кои Вам и объявить при сем, а равно и какие Вы получали уведомления от ваших посланников».
На этот вопрос Трубецкой отвечал: «Что касается до Карамзина, то он от нас посылан не был, а ездил вояжиром на свои деньги». Таким же был и ответ Лопухина.
В своем донесении Екатерине Прозоровский сообщал, что отказался от дальнейшего расследования о Карамзине, но все же допросил его. Д. Н. Бантыш-Каменский, который при написании биографии Карамзина пользовался свидетельствами современников, сообщает, что в руках императрицы были «подлинные речи» Карамзина, то есть собственные письменные ответы на пункты допроса, которые «свидетельствовали благонамеренность сочинителя».
Распространившиеся после высылки Трубецкого и Тургенева (Лопухин был оставлен в Москве «ради престарелого отца») слухи, что Карамзин также выслан — а он в это время, как обычно, жил у Плещеевых в Знаменском, — может быть, являются косвенным свидетельством того, что готовилось какое-то распоряжение и насчет него.
Описанию царствования Екатерины II после разгрома новиковского кружка в воспоминаниях И. В. Лопухина посвящено три странички.