Вскоре флоты спустили паруса и начали перестраиваться для боя. Боевой порядок османов состоял: из центра, в составе девяносто одной галер и пяти галиотов, под командованием самого капудан-паши. Двух крыльев. Правое крыло-пятьдесят три галеры с тремя галиотами, вел Мехмет Сирокко. Левое крыло — шестьдесят одна галера, тридцать два галиота, состояло в основном из кораблей привлеченных алжирских пиратов, возглавляемых одним из пиратских авторитетных главарей Улудж Али. Имелся у Али-паши и небольшой резерв, пять галер и два с половиной десятка галиотов, находившихся за центром боевого порядка турок, корабли которых растянулись на восемь-десять километров по фронту.
Флот Лиги выстроился в боевой порядок, зеркально отряжающий турецкое построение. Центр, в количестве шестидесяти двух галер, возглавил сам дон Хуан Австрийский. Правое крылом, в составе пятидесяти восьми галер, вёл в бой Джованни Андреа Дориа. Левым крылом в пятьдесят три галеры, командовал венецианский адмирал Барбариго. Три десятка галер, под руководством испанского маркиза Санта-Крус, были выделены в резерв. Перед боем, дон Хуан, даже приказал расковать гребцов-христиан и вооружить их, для увеличения числа воинов на бортах своих кораблей. А для воодушевления своего воинства, напомнить матросам и солдатам, обо всех победах европейского оружия над неверными, даже о прошлогодней победы диких московитов над флотом и армией султана.
Оба флота двинулись вперёд и вскоре, по меркам 16 века, вражеские корабли сошлись друг против друга. Флот христиан сумел сохранить перед столкновением более плотное построение кораблей, в отличии от мусульман, галеры и галиоты которых оторвались друг от друга. После соприкосновения флотов одновременно возникли три очага борьбы.
На первой стадии битвы, флоту османов улыбнулась Фатум. Османские матросы, из правого крыла, лучше европейцев знавшими местные воды, прошли между берегом, от которого суда Лиги предпочитали держаться подальше, из-за опасения сесть на мель, и левым крылом Барбариго, обойдя его галеры с тыла навязав ему абордажный бой. В ходе которого стало сказываться преимущество союзников в вооружении, личной защиты абордажников и их большего количества на каждом корабле. На каждой галере европейцев было не менее полутора сотен солдат, а султанские корабли на этом фланге имели лишь по три-четыре десятка бойцов-абордажников на борту. И уже вскоре после полудня, Фортуна стала улыбаться союзникам, Мехмет Сирокко, окруживший Барбариго, был разгромлен, его галеры частью потоплены, частью взяты на абордаж.
В центре, где столкнулись главные силы противников, бой сразу принял более упорный характер. Главными целями атаки, стали вражеские флагманы; христиан, флагманская галеры дона Хуана Австрийского «Реал» и мусульман, флагманская галеры Али-паши «Султан». В ходе сражения Али-паша был убит в перестрелке, его флагман захвачен врагом, а отрубленную голову турецкого комфлота, испанцы подняли на длинную пику, что вызвало панику среди вражеских матросов. Своей цели дон Хуан достиг, увидев голову своего капудан-паши на испанской пике, центр османского строя дрогнул, стал поддаваться и отходить. Тем более, что полудюжина венецианских галеасов бортовыми залпами своих пушек, буквально «расшвыривали» османский строй, и ни одной вражеской галере по своей воле, не удалось свалиться в абордаж, ни с одним из галеасов. На помощь своему командующему флотом бросился Улудж Али, возглавлявший левое крыло османской линии. Его галеры ударили в открывшийся фланг центра христиан. Галеры брата испанского монарха, повернули навстречу новой опасности, благо с «Султаном» Али-паши и им самим к этому времени уже окончательно «разобрались». Поддержал своего комфлота и маркиз Санта-Крус, галеры которого так же пошли в атаку на корабли османов. Не остался безучастным зрителем и адмирал Дориа, который с кораблями, входящих в находящийся под его командованием правым флангом европейцев, также повернул и стал подходить к центру боевого порядка флота Лиги, прямо на галеры и галеоты Улудж Али. Который увидев, что его зажимают между превосходящими вражескими силами, предпочел выйти их боя и покинут место сражения. Правда перед этим успел пустить священнолиговцам не мало крови, потопив и захватив несколько галер, в том числе и флагманскую галеру мальтийцев.