Уже к полудню подавляющая часть Нижнего города и основные ключевые укрепления Тоомпеа были захвачены русскими. За шведами остались с полдюжины башен Верхнего замка с частью строений внутри замка. Горожане удерживали ворота Харью, Карья и Нунна с обороняющими их укреплениями, небольшими прилегающими участками стены и расположенными рядом с воротами, на территории не превышающей и пятидесяти-шестидесяти метров, городскими постройками. Однако держатся ополченцам и наемным кнехтам оставалось не долго. Находясь под постоянным обстрелом, как с фронта, так и с тыла, в том числе с башен ворот Люхике Ялг и иных башен Вышгорода, они несли существенные потери, не имея возможность нанести врагу адекватный ущерб. Особенно обороняющимся поплохело, когда русское командование, вместе с дополнительными двумя батальонами стрельцов, ввело в город батареи трех и восьми фунтовых «единорогов» и установив их перед позициями ревельцев, буквально засыпали их градом ядер и гранат. Под которым те продержались три часа, а потом, узнав о пленении бургомистров со всем магистратом, захвате ратуши и большей части города с его укреплении, полностью капитулировали на милость победителей, даже не пытаясь, настойчиво, как это обычно происходило, выторговать какие-либо условия сдачи.
Шведы в Вышгороде продержались дольше, до темноты. Даже вступили в переговоры и пытались выторговать себе почетную капитуляцию, с оружием, знаменами и правом свободного выхода из замка и ухода. Однако, после ввода в замок полутора тысяч стрельцов с орудиями и пояснением скандинавам их дальнейшей перспективе, в случае не принятия условий безоговорочной сдачи на милость победителей и напоминания о разгроме деблокирующей эскадры с припасами и десантом, их командование приняло все условия московских воевод. Видимо шведский командующий хорошо знал о количестве имеющихся у его сюзерена судов и представлял, что в этом году Эрик XIV не сможет повторно собрать и направить эскадру для помощи Ревелю и его шведскому гарнизону.
Все вооруженные силы защитников города сдались московским войскам и были, после разоружения, выведены из города и поставлены временным лагерем на мысу, у морского берега. В течении восьми дней все пленные, не большими партиями были вывезены в Нарву и далее вглубь Русского царства. Победа была полной, но сам город и его порт полностью перешли под контроль победителей только к вечеру следующих суток. Которые потратили на зачистку замковых, городских и портовых строений, захват стоящих в порту судов, интернирование или арест их команд. Трофеи достались знатные, но назвать их точную стоимость пока не могли даже подьячие и писцы, приступившие к пересчету и оценки захваченной добычи. Хотя уже и сейчас было видно, что общая сумма монет, драгоценных камней, изделий из золота, серебра, различных товаров, превысить миллион талеров серебром.