Бавария была аннексирована Карлом с меньшими трудностями и немного раньше, чем Саксония. Тассилон, последний герцог Баварии из династии Агилольфингов, получил герцогство в 748 году из рук Пипина III, которому принес клятву верности, но так ни разу и не появился ни на одном ежегодном собрании и не принял участия ни в одной из кампаний Пипина, а затем Карла. Под давлением короля Тассилон принес еще одну присягу в 781 году, а затем и в 787 году, но во второй раз он дал клятву, только когда войско франков приблизилось к границе Баварии. На сейме 788 года[11] он был осужден по подозрению в заговоре с аварами. Жизнь ему сохранили, но отправили в монастырь, а Бавария была разделена между франкскими графами. В IX веке баварцы стали основной силой, поддерживавшей восточнофранкскую монархию, а Регенсбург стал главной резиденцией Людовика Немецкого. Одновременно с Баварией Карл получил беспокойных соседей в лице аваров, которые кочевали по венгерским степям с 568 года. В 791 году он совершил набег на их западные земли, лежавшие между реками Энс и Раба. Укрепленный лагерь (ринг) аварского хана был разграблен в 795 году маркграфом Эриком Фриульским и полностью уничтожен Пипином, вторым сыном Карла, в 796 году. После этого события авары послали в Ахен нескольких своих предводителей, которые заключили мир с императором и приняли христианство. На епископа Арна из Зальцбурга была возложена задача обратить аваров в христианство[12]. В 805 году хан, почувствовав угрозу безопасности для своих племен со стороны славян, принял христианскую веру и признал императора своим покровителем.
Более успешной, но менее значительной в историческом масштабе, чем экспансия франков на востоке, была кампания, во время которой Карл со своей армией воевал с арабами на севере Испании. В 778 году Карл сам командовал экспедицией против Сарагоссы. Она окончилась неудачей, так как Карл не получил ожидаемой поддержки от восставших эмиров. Во время отступления через Пиренеи арьергард франков был уничтожен, но не арабами, а басками – христианами из Памплоны, у которых он вызвал праведный гнев, разрушив стены их города. Эйнгард, биограф Карла, считает это событие незначительным, но судьба маркграфа Роланда, префекта Бретонской марки[13], который пал в Ронсевальском ущелье с другими известными воинами (15 августа 778 года), вошла в легенды и песни. Чтобы восстановить отношения с испанскими христианами, Карл встал на их сторону во время спора по вопросу адоптианства[14], когда они признали архиепископа Толедо еретиком. Карл хотел провести границу Франкского государства на южном склоне Пиренеев как внешнее укрепление городов Нарбонна и Септимании. И он преуспел. В 801 году сыном Карла Людовиком была захвачена Барселона. В этом ему помогал граф Вильгельм Тулузский, герой, чье имя, подобно имени Роланда, увековечено в средневековом эпосе. В 807 году Памплона признала покровительство Карла и стала вторым бастионом Испанской марки, пограничной области государства Карла, и защищала подход к Пиренеям как с запада, так и с востока.