Между тем Данцигская бухта в целом и Готенхафен в особенности стали опасным местом. Именно там находилась точка пересечения усилий авиации союзников и Советского Союза. 18 декабря 1944 года суеверные моряки с ужасом заметили, как со стоявшего рядом с "карманным линкором" транспорта «Варте» стаями бегут на землю крысы. Примета оказалась вещей. В 10 вечера начался массированный налет авиации Бомбардировочного командования Великобритании, в котором приняло участи 236 самолетов. Из 836 тонн бомб, сброшенных на корабли, суда и портовые сооружения, на долю «Лютцова» не досталось ни одной, хотя жертвой налета пал не только «Варте», но еще десяток торговых и вспомогательных судов, а также старый броненосец «Шлезвиг-Гольштейн». Его современный коллега отделался небольшой течью в трюме. Тем не менее, командование решило перевести его от греха подальше — в Пиллау, тем более что сооружения "Дойче Верке" в Готенхафене находились в руинах. В конце декабря «Лютцов» прибыл к месту своего последнего базирования.
Хотя положение Германии уже приближалось к безнадежному, на корабле продолжалась полноценная регулярная служба. Более того, на него прибыло 200 человек пополнения из числа спасшихся с «Тирпица». Некоторых из них вызволили из перевернувшегося корпуса линкора, и их моральное самочувствие оставляло желать лучшего. А между тем их новому кораблю предстояли очередные испытания. Советская армия уже окружила район Данцига. Пополнив боезапас чудом доставленными в Готенхафен 283-мм снарядами, «Лютцов», по-прежнему несший флаг вице-адмирала А.Тиле, в сопровождении трех миноносцев вышел на поддержку своих войск в районе Эльбинга. 8 февраля 1945 года он получил данные своих первых целей на немецкой земле. По крайней мере, теперь огонь нормально корректировался с передовых наблюдательных пунктов, одним из которых стала колокольня собора в Фрауэнбурге. Стрельба по разным объектам продолжалась весь день. Расстояние до некоторых целей составляло 35 км — практически максимальную дальность главного калибра. Одновременно 150-миллиметровки вели огонь по участкам, расположенным на побережье. Поддержка оказалась вполне успешной, и на следующий день отстрелявший свое «Лютцов» заменил однотипный "Адмирал Шеер". Германским войскам не только удалось удержать свои позиции, но и восстановить на время коридор с Кенигсбергом. В это время продолжалась крупнейшая в истории Второй мировой войны операция по эвакуации морем из Восточной Пруссии. (Всего немцам удалось вывезти около 2 млн. человек, включая население.)
Однако под угрозой оказался другой фланг. Советские войска вышли к побережью Западной Померании и начали наступление на Кольберг и Кёзлин. Вновь потребовалась помощь тяжелой артиллерии 2-й боевой группы. 6 марта «Лютцов», "Шеер", 2 эсминца и 2 миноносца двинулись по фарватеру в район Свинемюнде. На борт боевых кораблей, уходящих на спасительный запад, рвались раненые и беженцы ("Шеер" принял около 1000 человек). Флагман остался с чистыми палубами. Следуя во главе колонны, рано утром 7 марта он был атакован подводной лодкой К-52, давшей залп из всех кормовых торпедных аппаратов. Хотя на субмарине слышали 2 взрыва, и сама лодка, и торпеды были вовремя обнаружены, и атака успеха не имела.
"Лютцов" отделился от остальных единиц 2-й боевой группы и проследовал к Казербургер Фэре, где с помощью буксиров развернулся на узком фарватере, оказавшись носом к морю — пути отступления. Затем его прочно пришвартовали многочисленными стальными тросами к наспех сколоченному бревенчатому причалу. "Карманный линкор" приготовился к стрельбе, но настроение, царившее на борту, трудно было назвать бодрым. Он лишился своего главного козыря — возможности маневрировать на скорости на открытой воде. Кроме того, «радовало» соседство с крупным складом мин и взрывчатки. Опасность от атак с воздуха оставалась более чем реальной, несмотря на 4 тяжелые и 3 легкие зенитные батареи, окружавшие стоянку. Однако с точки зрения расположения эта «ловушка» приближалась к идеалу: тяжелый крейсер мог обстреливать большую часть фронтовых позиций.