Один из крупных эксцессов произошел как раз в правление Екатерины II. После многочисленных побед над турками Россия получила выход к Черному морю. Стало спокойнее и на западе: Речь Посполитая утратила свое влияние. Огромное войско казаков Запорожья, которое долгое время давало отпор врагам на границах, стало практически ненужным. Конечно же, это нарушило многолетнее равновесие, казаки занялись погромами и грабежами (в частности, нападали на сербских поселенцев) и начали представлять проблему для правительства. Когда же они поддержали Пугачевское восстание, императрица приказала разрушить Запорожскую Сечь. После этого около пятисот казаков бежали в устье Дуная и создали там Задунайскую Сечь под протекторатом турецкого султана. Османская империя, неожиданно получив в свое распоряжение такие значимые силы, снова начала грозить России войной, и процесс ликвидации запорожского казачества срочно приостановили. Григорий Потемкин сформировал из его остатков «Войско верных запорожцев» численностью 600 человек.
Войны с Турцией в итоге избежать не удалось, она длилась пять лет (1787–1792) и для многих людей оказалась по сути гражданской — ведь с обеих сторон бились казаки, причем из одной и той же местности. Победа досталась России, и после заключения мира верных ей запорожцев решили наградить землями, полученными в результате этой войны, после чего переименовали их в Черноморское казачье войско. Запорожцы посчитали милости правительства недостаточными, и в 1792 году их войсковой судья Антон Головатый поехал к Екатерине II с прошением о предоставлении казакам новых земель в районе Тамани и ее окрестностей. Переговоры шли непросто, Головатому сказали, что «земли много требуете», но войсковой судья оказался талантливым дипломатом и хорошим психологом. Зная любовь Екатерины к просвещению, он на аудиенции говорил с императрицей на латыни и сумел очаровать ее. А потом и убедить во всеобщей пользе такого решения.
В итоге императрица пожаловала черноморским казакам земли на Кубани «в вечное и потомственное владение», и уже через год они начали переселение, открыв новую страницу истории казачества. Вот только писалась она не с чистого листа: дело в том, что на Кубани уже проживало большое количество казаков, бежавших туда после предыдущего крупного конфликта с правительством. Речь идет о Булавинском восстании донских казаков, произошедшем при Петре I (1707–1708). Спусковым крючком тогда стала царская облава на беглых крестьян, издавна привыкших искать убежище на Дону. Это было прямым нарушением устоев — веками люди почитали за истину то, что «с Дона выдачи нет».
Мятеж вспыхнул, как сухое поле в жару. Под началом Кондратия Булавина собралось до 20 тысяч повстанцев. Против них выслали два полка из Москвы, 400 воронежских драгун от гетмана Мазепы и еще украинское войско «со всею бригадою слободских казаков из Ахтырского и Сумского полков». Восстание жестоко подавили, сам Булавин погиб (по другой версии — совершил самоубийство), но большая часть мятежников с новым лидером Игнатом Некрасовым успела бежать на Кубань, принадлежащую в то время крымским ханам. Некрасов стал родоначальником особой ветви казачества, называемой «некрасовцами» или «игнат-казаками». Также их называли «черные игнаты» за кафтаны черного цвета.
Заручившись поддержкой крымского хана, Некрасов создал государство в государстве, своего рода казачью республику, для которой он лично разработал свод законов, так называемые «Заветы Игната», которые сильно отличались от законов и обычаев, бытовавших в Российской империи. Начнем с того, что Некрасов требовал придерживаться старой веры, не признавая ни никонианского, ни греческого духовенства. Старообрядческие священники тоже не являлись для него авторитетом: он предписывал им во всем подчиняться Кругу — высшему органу казачьего самоуправления. Неподчинение каралось обвинением в ереси и изгнанием. При этом религия имела для некрасовцев колоссальное значение. За богохульство в любых проявлениях полагалась смертная казнь, но только по отношению к дееспособным людям — безумных за это никак не наказывали. Некрасовцы уже тогда, в XVIII веке, боролись с домашним насилием, защищая права женщин. Если муж обижал жену, Круг его наказывал, порой очень жестоко. За насилие могли запороть насмерть. По женской жалобе священника могли принудить развести пару, но если сама женщина изменила мужу, ее закапывали в землю заживо. За мужскую супружескую неверность полагалось 100 плетей, что тоже почти всегда оканчивалось смертью.
Важным пунктом «Заветов» было негативное отношение к царской власти, но не к России: «Царизму не покоряться. При царях в Россию не возвращаться». И в то же время — «на войне с Расеей в своих не стрелять, а палить через головы. Против крови не ходить». И очень важное для всех казаков: «Стоять за малых людей».