Но даже если эти проблемы с первозкой решатся. Северный флот должен будет заплатить за доставку ОЯТ на ПО «Маяк»: с 1 января 1991 года предприятие начало требовать оплату за свои услуги. В 1995 году стоимость одного эшелона с ОЯТ составляла 1,2 миллионов долларов США, в следующем 1996-м, сумма увеличилась до 2,5 миллионов долларов. У ВМФ России не хватает средств для оплаты эшелонов, что является одним из главных факторов, тормозящих вывоз ОЯТ на переработку.
Помимо проблем, связанных с финансированием непосредственно переработки, существует проблема ОЯТ, не подлежащих переработке на ПО «Маяк». К такому виду ОЯТ относится топливо в циркониевых оболочках, а также поврежденные ОТВС. Российские эксперты утверждают, что более десяти процентов ОЯТ Северного флота переработке не подлежат. Американские эксперты более радикальны в своих оценках. Они полагают, что около половины топлива Северного флота не может быть переработано «Маяком».