Против этих обвинений, которые признаются всеми, даже сторонниками Пия XII, выдвигается аргумент, что папа боялся репрессий, которые могли обрушиться на Ватикан и на него самого. К тому же с конца 1943 г. он оказывал помощь антифашистам. Действительно, небольшое их количество пользовалось убежищем в монастырях и Ватикане, но тогда вопрос о победе над фашизмом был решен, и Пий XII пытался таким способом реабилитироваться и обеспечить себе роль в послевоенном устройстве Европы.
Поведение папы диктовалось его непримиримостью к коммунизму, и он прямо заявлял о том, что после войны предстоит решать более сложную и опасную задачу столкновения с ним. Показательно, что когда Рузвельт, с которым он поддерживал постоянную связь, пытался его убедить в целесообразности союза США с СССР, папа на это никак не откликнулся. На просьбу Рузвельта умерить антисоветский пыл католических священнослужителей, подрывавший антифашистскую коалицию, Пий XII ответил молчанием.
Обвинения против Пия XII заставили папу Павла VI разрешить публикацию документов Святого Престола времен Второй мировой войны из ватиканских архивов. Проект был поручен четырем иезуитам. В 1964–1981 гг. вышло 11 томов документов. Однако, видимо, они не произвели особого впечатления на историков, поскольку споры вокруг позиции Пия XII не утихают до сих пор.
Политика Пия XII после войны определялась стремлением разрушить сложившееся во время войны антифашистское единство, вытеснив из него коммунистов. Укреплению политического влияния Святого Престола способствовал рост демохристианских партий на базе социальной доктрины католицизма, которые были поддержаны Ватиканом. Когда правящие круги Запада перешли на позиции холодной войны по отношению к СССР, Ватикан способствовал консолидации правых сил через церковную иерархию в разных странах. Программным в международных делах было рождественское выступление Пия XII 1947 г.: папа против деления мира на фашистов и антифашистов и выдвигает формулу «За или против Христа». «Против» оказались СССР, страны народной демократии, коммунисты.
В годы холодной войны Ватикан запугивал прогрессивно настроенных католиков, организовывал антикоммунистические акции. В страхе перед победой левых сил на выборах ударной силой стали так называемые «гражданские комитеты» во главе с
В 1949 г. Конгрегация Священной канцелярии обнародовала декрет об отлучении от Церкви верующих за принятие коммунистического учения и его пропаганду, за членство в компартии, ее поддержку и сотрудничество с ней, за чтение и распространение ее прессы. Пий XII не мог смириться с тем фактом, что в движении Сопротивления сложилось сотрудничество и дружеские связи коммунистов и католиков, которое продолжилось в правительствах Национального единства после войны, а также в борьбе за мир и социальную справедливость. В 1952 г. Пий XII опубликовал апостолическое послание к народам России, призывая их отречься от коммунизма и обратиться в католическую веру. Пропагандистский термин «церковь молчания» принадлежит ему. Позиция Пия XII по отношению к Северо-Атлантическому блоку и холодной войне создали ему репутацию «атлантического папы».
Пий XII издал множество энциклик. Одной из самых известных является энциклика об отношении Церкви к современной науке «Род человеческий» (