Вскоре после восшествия на престол Екатерина II издала 4 декабря 1762 г. Манифест о привлечении иностранцев на жительство в Россию, что способствовало увеличению числа католиков. Среди выходцев из Западной Европы, главным образом немцев, основавших свои колонии на Среднем Поволжье, юге Украины, в Крыму и Предкавказье, а позже в Южной Сибири, в Северном Казахстане и на Алтае, католики составляли 20–30 %.
Екатерина II, получив в 1766 г. жалобу католиков Петербурга «на их патров», рассудила, что, несмотря на разрешение католикам жить в империи, нет никаких законов, определявших, откуда и каким образом вызывать и назначать духовенство и духовное начальство, регулировать отношения, в том числе экономические, духовенства и прихожан, а также нет судебного органа, который мог бы регулировать конфликты, возникающие между ними. Императрица указала: «Патров католицких ордена Францисканского к церкви здешней из немецких округов вызывать», заботясь о том, чтобы они были не только разумны и добродетельны, но и «довольное искусство в языках имели для каждой здесь нации».
Указ Екатерины II от 12 февраля 1769 г., точнее, «Жалованная грамота Санктпетербургской Римско-католической церкви» и предписанный ею особый «Регламент» устанавливали порядок выборов глав католических миссий в приходах под наблюдением секретаря Юстиц-коллегии. В первых девяти главах «Регламента» определяется порядок управления католическими приходами в Петербурге, в X главе речь идет о Московской Католической церкви, в XI главе устанавливается порядок назначения католического духовенства в других местах империи. Высшей инстанцией при рассмотрении всех дел, связанных с Католической церковью в России, был Сенат.
Государственная модель взаимоотношений католических приходов в России с Римом, заложенная в этом указе, стала определяющей в политике России на последующие полтора столетия. В частности, католические священники в империи не могли именоваться «миссионерами», так как им не разрешалось заниматься обращением в католичество православного населения, ибо они призваны в Россию для отправления службы своего исповедания, «а не для новой какой проповеди». Также «запрещается Супериору и Патрам склонять и привлекать в Римскую веру». «Регламент» устанавливал, что все доходы принадлежат Церкви, «а не персонам духовным». Юстиц-коллегия «ни под каким видом при разбирательстве споров Церковного правления не должна мешаться в догматы самой веры Римского исповедания».
Положение Римско-католической церкви в России, определенное «Регламентом», не устраивало Святой Престол, ибо Екатерина II не согласовала его с Римской курией в соответствии с каноническим правом. Католическая церковь, как, впрочем, и Православная, подчинялась государственной юрисдикции России. Папы пытались изменить некоторые статьи «Регламента», но Екатерина II не шла на уступки. Более всего Святой Престол не устраивал принцип непосредственных, минуя Рим, взаимоотношений Католической церкви и Российского государства. Такое положение противоречило многовековой традиции его главенства в отношениях с государством.
«Регламент» оставался основой отношений между царской Россией и Святым Престолом вплоть до 1917 г., хотя и был несколько изменен в связи с заключением Россией конкордата с Ватиканом в 1847 г.
Католическое население в России значительно увеличилось в связи с тремя разделами Польши в XVIII в. Россией, Австрией и Пруссией. После первого раздела 1772 г. к России отошли Восточная и Западная Белоруссия с городами Полоцком, Витебском, Минском, Могилевом, после второго раздела 1793 г. – Правобережная Украина. Когда государственная самостоятельность Речи Посполитой была ликвидирована в 1795 г. и часть Латвии и литовские земли были переданы России, то все они составили западные губернии Российской империи. В 1815 г. на бывших польских землях было создано особое автономное административное образование Царство Польское. Российская империя пополнилась несколькими миллионами новых подданных, католиков латинского обряда. Впервые в истории России встал вопрос о создании самостоятельной католической административно-церковной структуры и духовной иерархии.